More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4102 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
366 aa  722    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  90.16 
 
 
366 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  91.53 
 
 
366 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  91.26 
 
 
366 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  72.95 
 
 
366 aa  548  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  70.03 
 
 
367 aa  495  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  68.12 
 
 
367 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  68.39 
 
 
367 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.17 
 
 
379 aa  279  5e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  40.3 
 
 
362 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  37.18 
 
 
523 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  39.47 
 
 
390 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.27 
 
 
370 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  40.41 
 
 
418 aa  192  7e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  37.86 
 
 
367 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  35.71 
 
 
405 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  37.54 
 
 
369 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.61 
 
 
379 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  36.47 
 
 
361 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  35.44 
 
 
369 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  35.44 
 
 
369 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 
379 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  35.57 
 
 
384 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  35.46 
 
 
369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  35.67 
 
 
396 aa  184  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  36.75 
 
 
363 aa  183  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  40.12 
 
 
387 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  36.42 
 
 
383 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  36.74 
 
 
370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  41.4 
 
 
359 aa  180  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  38.66 
 
 
370 aa  179  8e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.84 
 
 
417 aa  177  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.13 
 
 
361 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  38.04 
 
 
363 aa  173  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  40.13 
 
 
385 aa  173  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.38 
 
 
402 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.38 
 
 
402 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  35.41 
 
 
403 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  34.49 
 
 
368 aa  169  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  38.48 
 
 
378 aa  169  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.36 
 
 
368 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  36.55 
 
 
361 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.2 
 
 
361 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  35.18 
 
 
371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  35.18 
 
 
371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  35.18 
 
 
371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0999  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.41 
 
 
366 aa  167  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 
397 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  33.24 
 
 
367 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  37.08 
 
 
375 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.1 
 
 
369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  34.63 
 
 
371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  37.89 
 
 
368 aa  164  3e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.12 
 
 
369 aa  164  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  34.66 
 
 
374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  34.58 
 
 
368 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  34.44 
 
 
394 aa  163  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  35.03 
 
 
369 aa  162  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 
396 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  35.28 
 
 
402 aa  162  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  32.72 
 
 
372 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
392 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5082  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 
362 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.241341 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  34.03 
 
 
372 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  32.63 
 
 
363 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  34.32 
 
 
365 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  33.92 
 
 
374 aa  160  4e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.56 
 
 
383 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  32.41 
 
 
372 aa  159  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  36.74 
 
 
396 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  38.26 
 
 
416 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5175  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.14 
 
 
362 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321705  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  34.5 
 
 
368 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.87 
 
 
357 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5235  RND family efflux transporter MFP subunit  33.23 
 
 
362 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.34 
 
 
371 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  38.61 
 
 
369 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  38.73 
 
 
367 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0287  RND family efflux transporter MFP subunit  33.13 
 
 
362 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44923  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  37.4 
 
 
369 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  38.19 
 
 
398 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  36.59 
 
 
360 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.12 
 
 
372 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  34.82 
 
 
368 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  37.89 
 
 
367 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  37.26 
 
 
369 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.45 
 
 
362 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  38.41 
 
 
369 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.87 
 
 
357 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0173163  normal  0.372844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  35.13 
 
 
369 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  33.73 
 
 
371 aa  152  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  36.74 
 
 
367 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.38 
 
 
371 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 
387 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  31.98 
 
 
357 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1424  RND family mulitdrug efflux protein  32.49 
 
 
358 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  31.18 
 
 
358 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  33.52 
 
 
371 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4926  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 
351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  31.47 
 
 
357 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>