More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5234 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 355 aa  700    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  96.62 
 
 		 355 aa  647    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  96.62 
 
 		 355 aa  645    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  88.99 
 
 		 355 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  69.58 
 
 		 354 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.82 
 
 		 356 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  67.75 
 
 		 361 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  60.06 
 
 		 356 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  60.17 
 
 		 356 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.68 
 
 		 366 aa  288  7e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  42.45 
 
 		 363 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  46.02 
 
 		 361 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  44.29 
 
 		 368 aa  273  4.0000000000000004e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.61 
 
 		 357 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  41.69 
 
 		 358 aa  265  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  42 
 
 		 357 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.03 
 
 		 357 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  40.74 
 
 		 369 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2038  secretion protein HlyD  41.14 
 
 		 357 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.213803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.21 
 
 		 384 aa  238  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  41.4 
 
 		 364 aa  236  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1424  RND family mulitdrug efflux protein  38.66 
 
 		 358 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.75 
 
 		 361 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.02 
 
 		 383 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  39.38 
 
 		 361 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.97 
 
 		 360 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5368  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.03 
 
 		 362 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0514804  normal  0.515508 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  39.71 
 
 		 387 aa  215  9e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  40.52 
 
 		 364 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  38.67 
 
 		 374 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4927  RND family efflux transporter MFP subunit  37.22 
 
 		 354 aa  208  9e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.1 
 
 		 379 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.22 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  35.23 
 
 		 369 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  36.52 
 
 		 374 aa  186  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  34.62 
 
 		 363 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  39.27 
 
 		 378 aa  185  8e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 379 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2037  secretion protein HlyD  36.36 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  36.23 
 
 		 405 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  36.58 
 
 		 360 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.15 
 
 		 402 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  38.69 
 
 		 367 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  37.03 
 
 		 359 aa  177  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.75 
 
 		 377 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  35.39 
 
 		 371 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  35.77 
 
 		 387 aa  176  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.21 
 
 		 381 aa  176  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  36.68 
 
 		 396 aa  176  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 361 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  35.73 
 
 		 523 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.31 
 
 		 388 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.19 
 
 		 402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  34.17 
 
 		 369 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.38 
 
 		 362 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.31 
 
 		 383 aa  170  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  35.16 
 
 		 374 aa  169  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  35.01 
 
 		 396 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  35.31 
 
 		 394 aa  169  7e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  35.19 
 
 		 368 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4926  RND family efflux transporter MFP subunit  34.45 
 
 		 351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 361 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 369 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.7 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3506  RND family efflux transporter MFP subunit  35.92 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164445  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  34.51 
 
 		 402 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  30.77 
 
 		 372 aa  163  4.0000000000000004e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.1 
 
 		 357 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0173163  normal  0.372844 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  30.77 
 
 		 372 aa  162  6e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 371 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 371 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 371 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  34.44 
 
 		 370 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  32.95 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  32.56 
 
 		 384 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.13 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  34.23 
 
 		 383 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  34.01 
 
 		 418 aa  159  7e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  34.37 
 
 		 390 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  33.92 
 
 		 363 aa  159  8e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  32.67 
 
 		 371 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  35.33 
 
 		 398 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.42 
 
 		 368 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2654  RND family efflux transporter MFP subunit  37.03 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  34.84 
 
 		 394 aa  156  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  33.73 
 
 		 368 aa  156  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  31.53 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5175  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.81 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  34.82 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.33 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 		 370 aa  154  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5082  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 362 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.241341 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0287  RND family efflux transporter MFP subunit  34.13 
 
 		 362 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44923  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  38.58 
 
 		 365 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  35.12 
 
 		 396 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  34.73 
 
 		 372 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5235  RND family efflux transporter MFP subunit  34.03 
 
 		 362 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>