More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2690 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 360 aa  712    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.17 
 
 		 381 aa  414  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.91 
 
 		 377 aa  393  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  49.7 
 
 		 360 aa  296  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  45.05 
 
 		 374 aa  248  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  41.57 
 
 		 369 aa  245  6.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  40.34 
 
 		 358 aa  242  7.999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.73 
 
 		 367 aa  228  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  42.69 
 
 		 361 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  39.55 
 
 		 374 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  38.9 
 
 		 356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  39.94 
 
 		 363 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  38.83 
 
 		 358 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  39.49 
 
 		 383 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  39.83 
 
 		 356 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  38.7 
 
 		 369 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.1 
 
 		 357 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  40.73 
 
 		 371 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  39.22 
 
 		 396 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  37.85 
 
 		 369 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  37.67 
 
 		 368 aa  202  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  38.1 
 
 		 369 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  38.1 
 
 		 369 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.2 
 
 		 362 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  38.14 
 
 		 402 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  38.15 
 
 		 361 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.48 
 
 		 361 aa  199  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  36.77 
 
 		 354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  35.96 
 
 		 357 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2037  secretion protein HlyD  37.39 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  37.64 
 
 		 367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4926  RND family efflux transporter MFP subunit  39.83 
 
 		 351 aa  197  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  36.97 
 
 		 355 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  40.84 
 
 		 367 aa  195  9e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  39.18 
 
 		 361 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 402 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  35.57 
 
 		 369 aa  193  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  38.17 
 
 		 361 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  36.69 
 
 		 355 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 402 aa  192  8e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  36.97 
 
 		 355 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.04 
 
 		 388 aa  191  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  36.45 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.82 
 
 		 356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  35.63 
 
 		 372 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  35.47 
 
 		 372 aa  190  4e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  36.72 
 
 		 523 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.53 
 
 		 384 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 		 370 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  37.78 
 
 		 394 aa  188  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.5 
 
 		 383 aa  188  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  35.39 
 
 		 403 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  35.67 
 
 		 369 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  36.57 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  37.36 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  35.98 
 
 		 392 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  36.58 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2038  secretion protein HlyD  35.11 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.213803 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.89 
 
 		 357 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.15 
 
 		 357 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  36.63 
 
 		 372 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3130  secretion protein HlyD  35.71 
 
 		 395 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  37.72 
 
 		 418 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  35.43 
 
 		 374 aa  182  9.000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  37.82 
 
 		 387 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  35.39 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  35.39 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  35.39 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  35.96 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.57 
 
 		 366 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.65 
 
 		 417 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  41.39 
 
 		 385 aa  180  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  37.83 
 
 		 368 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.21 
 
 		 361 aa  179  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.76 
 
 		 395 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.8 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  36.19 
 
 		 390 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.6 
 
 		 372 aa  176  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5175  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.04 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  34.47 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5082  RND family efflux transporter MFP subunit  36.93 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.241341 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  38.61 
 
 		 398 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0287  RND family efflux transporter MFP subunit  38.55 
 
 		 362 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44923  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1424  RND family mulitdrug efflux protein  35.2 
 
 		 358 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.6 
 
 		 357 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0173163  normal  0.372844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  32.88 
 
 		 368 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  34.78 
 
 		 364 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  34.97 
 
 		 405 aa  170  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 		 379 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5235  RND family efflux transporter MFP subunit  37.09 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 377 aa  169  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  34.8 
 
 		 357 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 379 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4927  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  33.61 
 
 		 367 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5368  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.29 
 
 		 362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0514804  normal  0.515508 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 		 384 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.75 
 
 		 397 aa  165  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  36.86 
 
 		 359 aa  164  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 		 396 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>