More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3301 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 366 aa  734    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  76.23 
 
 		 363 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  48.71 
 
 		 356 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  48.57 
 
 		 356 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  45.71 
 
 		 355 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.56 
 
 		 356 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  43.97 
 
 		 355 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  41.21 
 
 		 354 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  43.68 
 
 		 355 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  44.02 
 
 		 355 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  43.25 
 
 		 361 aa  252  7e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.76 
 
 		 357 aa  222  9e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  37.5 
 
 		 368 aa  219  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.08 
 
 		 357 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  35.67 
 
 		 358 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  36.39 
 
 		 357 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  37.65 
 
 		 361 aa  206  6e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.92 
 
 		 384 aa  204  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  37.94 
 
 		 364 aa  203  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  36.16 
 
 		 364 aa  202  7e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2038  secretion protein HlyD  35.65 
 
 		 357 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.213803 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  39.67 
 
 		 374 aa  196  6e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  35.29 
 
 		 369 aa  195  9e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.49 
 
 		 383 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.22 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 		 387 aa  190  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5368  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.06 
 
 		 362 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0514804  normal  0.515508 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1424  RND family mulitdrug efflux protein  33.24 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4927  RND family efflux transporter MFP subunit  34.96 
 
 		 354 aa  180  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.57 
 
 		 360 aa  180  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.94 
 
 		 377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.12 
 
 		 367 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  36.72 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  32.85 
 
 		 369 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.17 
 
 		 379 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  36.51 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.29 
 
 		 379 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  31.22 
 
 		 371 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.86 
 
 		 402 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.66 
 
 		 402 aa  160  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.32 
 
 		 361 aa  159  8e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  32.42 
 
 		 402 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  31.63 
 
 		 405 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  33 
 
 		 367 aa  157  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  34.87 
 
 		 387 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  35.18 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.69 
 
 		 381 aa  153  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  33.52 
 
 		 368 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  35.83 
 
 		 398 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  31.38 
 
 		 384 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  31.02 
 
 		 523 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  32.27 
 
 		 367 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  32.76 
 
 		 396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.79 
 
 		 388 aa  146  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  32.47 
 
 		 362 aa  145  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  32.75 
 
 		 370 aa  145  9e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 394 aa  145  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  32.65 
 
 		 363 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  31.52 
 
 		 367 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.74 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0173163  normal  0.372844 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.79 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  32.68 
 
 		 367 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  32.5 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  32.79 
 
 		 374 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  32.93 
 
 		 365 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  31.82 
 
 		 363 aa  142  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.96 
 
 		 357 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 361 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  32.35 
 
 		 367 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 418 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2037  secretion protein HlyD  30.11 
 
 		 363 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 403 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.88 
 
 		 362 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0287  RND family efflux transporter MFP subunit  31.33 
 
 		 362 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44923  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2654  RND family efflux transporter MFP subunit  35.19 
 
 		 366 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  30.97 
 
 		 369 aa  139  7.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  32.22 
 
 		 369 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.91 
 
 		 371 aa  139  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  30.36 
 
 		 374 aa  138  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  30.16 
 
 		 372 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  30.11 
 
 		 368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3506  RND family efflux transporter MFP subunit  31.84 
 
 		 364 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  32.96 
 
 		 396 aa  137  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  29.84 
 
 		 372 aa  136  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 371 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 371 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 371 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.22 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  32.18 
 
 		 371 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  30.99 
 
 		 394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  28.73 
 
 		 358 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  32.48 
 
 		 378 aa  134  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  31.31 
 
 		 372 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  32.42 
 
 		 369 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  32.42 
 
 		 369 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5175  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.36 
 
 		 362 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  28.4 
 
 		 357 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5235  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>