More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1555 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  100 
 
 		 394 aa  779    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  66.76 
 
 		 367 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  66.48 
 
 		 371 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  52.22 
 
 		 368 aa  351  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.06 
 
 		 369 aa  323  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.57 
 
 		 368 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  52.37 
 
 		 365 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  50.83 
 
 		 374 aa  318  9e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  51.78 
 
 		 368 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  55.49 
 
 		 365 aa  311  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  52.74 
 
 		 368 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  44.14 
 
 		 396 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  40.62 
 
 		 405 aa  206  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  37.16 
 
 		 523 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  38.72 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.83 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  39.17 
 
 		 368 aa  189  9e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.2 
 
 		 361 aa  189  9e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  34.93 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  37.92 
 
 		 361 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 403 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  35.45 
 
 		 371 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.36 
 
 		 369 aa  182  9.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  35.36 
 
 		 361 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  34.7 
 
 		 396 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  34.85 
 
 		 369 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  34.85 
 
 		 369 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.82 
 
 		 402 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 		 369 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.82 
 
 		 402 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  38.71 
 
 		 402 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  35.29 
 
 		 370 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  37.85 
 
 		 367 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  39.07 
 
 		 363 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 		 371 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 		 371 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  37.32 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 		 371 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  38.31 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  37.25 
 
 		 367 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.82 
 
 		 371 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  38.87 
 
 		 369 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3206  transport lipoprotein  37.43 
 
 		 371 aa  169  6e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443249  normal  0.0512525 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.91 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.032186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  37.7 
 
 		 362 aa  167  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  37.37 
 
 		 370 aa  166  9e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  35.54 
 
 		 367 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  35.96 
 
 		 371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  37.35 
 
 		 369 aa  163  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1298  secretion protein HlyD  37.69 
 
 		 374 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6532  RND family efflux transporter MFP subunit  37.69 
 
 		 374 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3320  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.81 
 
 		 371 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  37.54 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  37.04 
 
 		 369 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 371 aa  160  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.65 
 
 		 379 aa  159  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 370 aa  159  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  37.57 
 
 		 361 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  36.66 
 
 		 367 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.11 
 
 		 379 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  36.66 
 
 		 367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6139  RND family efflux transporter MFP subunit  37.82 
 
 		 374 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.69 
 
 		 371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.39 
 
 		 370 aa  155  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  39.16 
 
 		 359 aa  155  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  35.36 
 
 		 369 aa  155  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5654  RND family efflux transporter MFP subunit  37.47 
 
 		 395 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0114559  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.1 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  34.09 
 
 		 354 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  33.88 
 
 		 390 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.43 
 
 		 383 aa  152  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.58 
 
 		 357 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  34.64 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  35.56 
 
 		 355 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  34.7 
 
 		 394 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3506  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 		 364 aa  150  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  31.28 
 
 		 366 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 348 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  36.19 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  36.39 
 
 		 361 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.54 
 
 		 361 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  32.6 
 
 		 356 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  33.96 
 
 		 368 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  34.44 
 
 		 396 aa  143  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.37 
 
 		 356 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  36.98 
 
 		 378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  33.06 
 
 		 418 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.41 
 
 		 384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0999  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  34.17 
 
 		 356 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.44 
 
 		 417 aa  139  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  33.55 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0591  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  36.79 
 
 		 416 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  33.52 
 
 		 355 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5368  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.63 
 
 		 362 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0514804  normal  0.515508 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  33.55 
 
 		 366 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>