More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3301 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  100 
 
 		 367 aa  720    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  95.64 
 
 		 367 aa  655    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  69.21 
 
 		 369 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.11 
 
 		 369 aa  464  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  69.38 
 
 		 369 aa  443  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  69.92 
 
 		 369 aa  438  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  68.48 
 
 		 369 aa  435  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  64.71 
 
 		 368 aa  431  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3206  transport lipoprotein  68.09 
 
 		 371 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443249  normal  0.0512525 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  66.57 
 
 		 367 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.25 
 
 		 371 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  65.8 
 
 		 375 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  63.51 
 
 		 371 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  62.29 
 
 		 369 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3320  efflux transporter, RND family, MFP subunit  63.71 
 
 		 371 aa  391  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  64.57 
 
 		 371 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  64.72 
 
 		 371 aa  371  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1298  secretion protein HlyD  66.28 
 
 		 374 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6532  RND family efflux transporter MFP subunit  66.28 
 
 		 374 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  64.29 
 
 		 369 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  64 
 
 		 369 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6139  RND family efflux transporter MFP subunit  63.56 
 
 		 374 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  57.98 
 
 		 348 aa  337  1.9999999999999998e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0999  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.15 
 
 		 366 aa  300  2e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5654  RND family efflux transporter MFP subunit  58.52 
 
 		 395 aa  300  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0114559  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.73 
 
 		 370 aa  290  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  52.99 
 
 		 371 aa  288  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.032186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  49.11 
 
 		 361 aa  270  4e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.16 
 
 		 361 aa  268  8e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 363 aa  268  8e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.22 
 
 		 361 aa  264  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  37.43 
 
 		 368 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  39.36 
 
 		 396 aa  196  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  37.85 
 
 		 394 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  39.13 
 
 		 368 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.46 
 
 		 371 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  38.95 
 
 		 374 aa  187  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.55 
 
 		 368 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  38.67 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.53 
 
 		 369 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  41.37 
 
 		 365 aa  182  6e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  40.8 
 
 		 368 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  36.09 
 
 		 367 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  36.44 
 
 		 367 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  38.83 
 
 		 405 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 		 418 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.62 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  39.06 
 
 		 523 aa  164  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.86 
 
 		 402 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  37.28 
 
 		 402 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.37 
 
 		 402 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.02 
 
 		 370 aa  158  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  36.13 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  34.07 
 
 		 367 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  35.82 
 
 		 362 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.91 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.11 
 
 		 360 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.76 
 
 		 379 aa  152  8.999999999999999e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  36.59 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  36.28 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0591  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 350 aa  149  8e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  35.59 
 
 		 378 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.06 
 
 		 386 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  34.36 
 
 		 370 aa  146  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  33.05 
 
 		 396 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  33.05 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 361 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  34.47 
 
 		 370 aa  143  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.81 
 
 		 356 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  36.3 
 
 		 366 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.08 
 
 		 384 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  35.26 
 
 		 374 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  34.17 
 
 		 392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 		 403 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  32.77 
 
 		 369 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.84 
 
 		 357 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 363 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 369 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  36.1 
 
 		 416 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.97 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 		 385 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  35.5 
 
 		 359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.66 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.54 
 
 		 383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 371 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 		 361 aa  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 371 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 371 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  32.31 
 
 		 371 aa  136  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  33.05 
 
 		 368 aa  136  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  35.56 
 
 		 393 aa  135  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  32.27 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  34.57 
 
 		 383 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  34.83 
 
 		 398 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  32.27 
 
 		 372 aa  135  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  33.33 
 
 		 356 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  33.99 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.53 
 
 		 379 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  34.22 
 
 		 387 aa  132  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>