More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2547 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 393 aa  754    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  60.89 
 
 		 378 aa  392  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  49.87 
 
 		 418 aa  325  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  52.86 
 
 		 416 aa  299  5e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  51.09 
 
 		 398 aa  295  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.16 
 
 		 417 aa  293  4e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  51.57 
 
 		 390 aa  290  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.47 
 
 		 397 aa  289  7e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  51.46 
 
 		 385 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  50.39 
 
 		 387 aa  282  9e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.48 
 
 		 402 aa  239  9e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.21 
 
 		 402 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  43.02 
 
 		 402 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  42.06 
 
 		 405 aa  230  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  39.21 
 
 		 523 aa  226  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  40.27 
 
 		 370 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  38.81 
 
 		 396 aa  178  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  40 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.53 
 
 		 361 aa  172  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  39.6 
 
 		 363 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  38.53 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.71 
 
 		 379 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  36.87 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  36.87 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  37.15 
 
 		 361 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.5 
 
 		 379 aa  167  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  35.81 
 
 		 367 aa  166  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 384 aa  166  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  35.36 
 
 		 366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  34.44 
 
 		 367 aa  164  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.92 
 
 		 361 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  36.34 
 
 		 369 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 369 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  35.48 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  36.49 
 
 		 370 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  35.85 
 
 		 371 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  36.59 
 
 		 396 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  38.04 
 
 		 365 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.69 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.61 
 
 		 371 aa  158  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  35.26 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  35.92 
 
 		 358 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  38.9 
 
 		 363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 		 371 aa  155  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.38 
 
 		 360 aa  155  9e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  41.03 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  34.67 
 
 		 368 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  37.42 
 
 		 362 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  35.07 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  35.75 
 
 		 374 aa  154  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  37.29 
 
 		 371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  35.95 
 
 		 375 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  34.54 
 
 		 403 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  36.15 
 
 		 394 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  38.06 
 
 		 368 aa  150  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.17 
 
 		 356 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  35.92 
 
 		 367 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.3 
 
 		 369 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.57 
 
 		 371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.03 
 
 		 377 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  37.08 
 
 		 371 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.54 
 
 		 370 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0999  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.75 
 
 		 366 aa  145  9e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.11 
 
 		 383 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  34.54 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  34.54 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  35.18 
 
 		 361 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  34.54 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  37.61 
 
 		 369 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  33.15 
 
 		 364 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3506  RND family efflux transporter MFP subunit  33.42 
 
 		 364 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  34.76 
 
 		 383 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  37.13 
 
 		 369 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  35.57 
 
 		 367 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.07 
 
 		 381 aa  142  9e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  36.21 
 
 		 348 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  35.25 
 
 		 367 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.13 
 
 		 368 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  35.24 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  34.55 
 
 		 368 aa  141  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.42 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.99 
 
 		 369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  33.79 
 
 		 369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  34.27 
 
 		 354 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  34 
 
 		 369 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3206  transport lipoprotein  36.49 
 
 		 371 aa  139  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443249  normal  0.0512525 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  34.71 
 
 		 367 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  37.01 
 
 		 374 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  32.66 
 
 		 357 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  33.06 
 
 		 394 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.5 
 
 		 369 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  34.43 
 
 		 367 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 396 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  37.78 
 
 		 366 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  35.23 
 
 		 392 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.39 
 
 		 361 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  32.12 
 
 		 372 aa  136  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1298  secretion protein HlyD  37.18 
 
 		 374 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6532  RND family efflux transporter MFP subunit  37.18 
 
 		 374 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>