More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2508 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 397 aa  780    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  68.03 
 
 		 390 aa  468  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  68.31 
 
 		 418 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  68.21 
 
 		 416 aa  444  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  68.26 
 
 		 398 aa  434  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  67.83 
 
 		 417 aa  436  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  67.91 
 
 		 387 aa  432  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  67.76 
 
 		 385 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  53.74 
 
 		 378 aa  331  1e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  53.06 
 
 		 393 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  45.6 
 
 		 523 aa  282  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  47.83 
 
 		 405 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.31 
 
 		 402 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.15 
 
 		 402 aa  259  6e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  45.86 
 
 		 402 aa  256  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  40.23 
 
 		 370 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 379 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  36.44 
 
 		 384 aa  202  9e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.46 
 
 		 379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  41.33 
 
 		 359 aa  200  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  38.96 
 
 		 367 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  39.78 
 
 		 366 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  38.64 
 
 		 367 aa  193  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  36.55 
 
 		 366 aa  192  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  39.89 
 
 		 383 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  38.68 
 
 		 363 aa  188  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 367 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.75 
 
 		 360 aa  187  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  39.01 
 
 		 396 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  39.83 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.71 
 
 		 377 aa  182  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  41.23 
 
 		 366 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  41.88 
 
 		 366 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.23 
 
 		 366 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.54 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  35.82 
 
 		 396 aa  181  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.57 
 
 		 361 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  38.76 
 
 		 363 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  39.09 
 
 		 369 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  39.6 
 
 		 361 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.74 
 
 		 370 aa  179  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  39.66 
 
 		 370 aa  179  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  36.61 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  38.24 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.25 
 
 		 361 aa  177  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.37 
 
 		 379 aa  176  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  38.55 
 
 		 369 aa  176  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  38.55 
 
 		 369 aa  176  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  38.99 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  36.83 
 
 		 374 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  36.75 
 
 		 356 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  36.68 
 
 		 361 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  35.2 
 
 		 372 aa  172  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  35.2 
 
 		 372 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  39.37 
 
 		 348 aa  170  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.97 
 
 		 395 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  37.32 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  37.64 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 		 369 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  37.11 
 
 		 356 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  34.96 
 
 		 374 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0999  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.75 
 
 		 366 aa  168  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.39 
 
 		 371 aa  166  9e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.52 
 
 		 371 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.39 
 
 		 372 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  36.26 
 
 		 364 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  35.31 
 
 		 358 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  37.8 
 
 		 360 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  37.1 
 
 		 372 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  38.03 
 
 		 362 aa  163  6e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  36.67 
 
 		 367 aa  162  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 371 aa  162  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.89 
 
 		 361 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  38.34 
 
 		 365 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.63 
 
 		 357 aa  160  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.48 
 
 		 371 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 371 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 371 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 371 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  35.62 
 
 		 375 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  35.71 
 
 		 369 aa  159  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.26 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1424  RND family mulitdrug efflux protein  35.63 
 
 		 358 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  33.42 
 
 		 371 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3506  RND family efflux transporter MFP subunit  33.96 
 
 		 364 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  35.23 
 
 		 369 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  36.54 
 
 		 394 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  34.85 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4926  RND family efflux transporter MFP subunit  36.72 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  35.57 
 
 		 367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.82 
 
 		 367 aa  154  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  33.14 
 
 		 357 aa  153  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3130  secretion protein HlyD  34.1 
 
 		 395 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.37 
 
 		 370 aa  152  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5175  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.29 
 
 		 362 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.26 
 
 		 357 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0173163  normal  0.372844 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  31.65 
 
 		 432 aa  152  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  35.75 
 
 		 369 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5082  RND family efflux transporter MFP subunit  36.52 
 
 		 362 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.241341 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>