More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2178 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 371 aa  733    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  67.12 
 
 		 367 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  66.48 
 
 		 394 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  52.1 
 
 		 368 aa  352  5.9999999999999994e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  50.56 
 
 		 374 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  50.15 
 
 		 365 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49 
 
 		 368 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  51.01 
 
 		 368 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  49.58 
 
 		 368 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.63 
 
 		 369 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  52.27 
 
 		 365 aa  296  4e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  44.89 
 
 		 396 aa  260  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  35.07 
 
 		 523 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  35.54 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  35.47 
 
 		 405 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.89 
 
 		 361 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.13 
 
 		 369 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.1 
 
 		 371 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.94 
 
 		 369 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.01 
 
 		 402 aa  179  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.77 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.02 
 
 		 402 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  36.78 
 
 		 361 aa  177  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  37.46 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  36.19 
 
 		 368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  35.06 
 
 		 402 aa  173  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  39.09 
 
 		 369 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  36.01 
 
 		 369 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  35.41 
 
 		 371 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  34.5 
 
 		 403 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  36.89 
 
 		 367 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  39.09 
 
 		 369 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  37.15 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  35.88 
 
 		 371 aa  168  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.032186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.51 
 
 		 370 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  34.42 
 
 		 361 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  34.42 
 
 		 369 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1298  secretion protein HlyD  38.84 
 
 		 374 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6532  RND family efflux transporter MFP subunit  38.84 
 
 		 374 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  34.5 
 
 		 371 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  34.5 
 
 		 371 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  34.5 
 
 		 371 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  33.69 
 
 		 396 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.65 
 
 		 371 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  38.49 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6139  RND family efflux transporter MFP subunit  38.53 
 
 		 374 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  35.53 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3206  transport lipoprotein  36.72 
 
 		 371 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443249  normal  0.0512525 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  40.46 
 
 		 371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  38.51 
 
 		 367 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  35.51 
 
 		 375 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.02 
 
 		 370 aa  161  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.58 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 		 369 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 369 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3320  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.36 
 
 		 371 aa  159  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  34.14 
 
 		 370 aa  160  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  33.53 
 
 		 369 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  36.2 
 
 		 392 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5654  RND family efflux transporter MFP subunit  39.2 
 
 		 395 aa  158  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0114559  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  32.51 
 
 		 366 aa  158  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  37.03 
 
 		 367 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 367 aa  155  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  35.41 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  36.71 
 
 		 367 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  37.16 
 
 		 361 aa  150  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.92 
 
 		 365 aa  149  9e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.61 
 
 		 357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 396 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  30.51 
 
 		 358 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  35.39 
 
 		 378 aa  146  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  34.2 
 
 		 348 aa  146  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  33.98 
 
 		 377 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.12 
 
 		 379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  33.42 
 
 		 394 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  31.65 
 
 		 390 aa  139  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 355 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.12 
 
 		 379 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.34 
 
 		 383 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  34.28 
 
 		 359 aa  138  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.39 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  33.61 
 
 		 398 aa  138  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34 
 
 		 377 aa  137  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  35.06 
 
 		 366 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.72 
 
 		 379 aa  136  7.000000000000001e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.45 
 
 		 384 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  34.87 
 
 		 393 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3506  RND family efflux transporter MFP subunit  32.14 
 
 		 364 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  35.06 
 
 		 366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 370 aa  133  5e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  35.06 
 
 		 366 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  32.79 
 
 		 354 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0999  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.94 
 
 		 366 aa  132  9e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.06 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.86 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 		 384 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 		 364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>