More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2678 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 369 aa  724    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  82.66 
 
 		 369 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  82.66 
 
 		 369 aa  548  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  82.11 
 
 		 369 aa  541  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  74.53 
 
 		 369 aa  521  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  69.92 
 
 		 367 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  68.83 
 
 		 367 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  71.14 
 
 		 367 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  63.69 
 
 		 368 aa  436  1e-121  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.29 
 
 		 371 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  64.82 
 
 		 371 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3206  transport lipoprotein  67.61 
 
 		 371 aa  423  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443249  normal  0.0512525 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  65.08 
 
 		 375 aa  418  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3320  efflux transporter, RND family, MFP subunit  66.76 
 
 		 371 aa  408  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  63.13 
 
 		 369 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.6 
 
 		 371 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1298  secretion protein HlyD  67.76 
 
 		 374 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  66.47 
 
 		 369 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6532  RND family efflux transporter MFP subunit  67.76 
 
 		 374 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  67.78 
 
 		 369 aa  391  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  65.92 
 
 		 371 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6139  RND family efflux transporter MFP subunit  65.71 
 
 		 374 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  60.73 
 
 		 348 aa  359  5e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0999  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.12 
 
 		 366 aa  324  2e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5654  RND family efflux transporter MFP subunit  59.73 
 
 		 395 aa  321  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0114559  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  53.43 
 
 		 371 aa  303  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.032186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.35 
 
 		 370 aa  299  6e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  49.13 
 
 		 361 aa  280  3e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 361 aa  276  3e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.27 
 
 		 361 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  49 
 
 		 363 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  43.6 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  36.29 
 
 		 368 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.44 
 
 		 369 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.38 
 
 		 371 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  37.04 
 
 		 368 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  36.89 
 
 		 396 aa  195  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  38.24 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  37.32 
 
 		 374 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  38.48 
 
 		 368 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  36.91 
 
 		 394 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.36 
 
 		 368 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  36.39 
 
 		 367 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.56 
 
 		 367 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  36 
 
 		 366 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  37.74 
 
 		 366 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  35.21 
 
 		 367 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  35.81 
 
 		 367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  36.78 
 
 		 523 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.38 
 
 		 366 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  37.06 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  37.95 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  38.06 
 
 		 366 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  37.73 
 
 		 416 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  37.6 
 
 		 378 aa  159  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  34.74 
 
 		 418 aa  160  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  36.94 
 
 		 405 aa  159  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.97 
 
 		 370 aa  159  9e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.44 
 
 		 402 aa  159  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.44 
 
 		 402 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 360 aa  156  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.08 
 
 		 386 aa  156  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.89 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  35.29 
 
 		 370 aa  152  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  35.69 
 
 		 398 aa  152  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  33.89 
 
 		 383 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.61 
 
 		 384 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  34.12 
 
 		 374 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  35.38 
 
 		 402 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 385 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  35.63 
 
 		 387 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.05 
 
 		 361 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.7 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.33 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.91 
 
 		 367 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  36.25 
 
 		 361 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.25 
 
 		 357 aa  142  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 387 aa  142  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0591  RND family efflux transporter MFP subunit  31.62 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  35.59 
 
 		 372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  32.24 
 
 		 364 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  33.43 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.37 
 
 		 397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  34.29 
 
 		 363 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  31.06 
 
 		 372 aa  139  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  31.06 
 
 		 372 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  32.63 
 
 		 396 aa  138  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.74 
 
 		 372 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  32.86 
 
 		 358 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  33.52 
 
 		 374 aa  136  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  33.96 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.18 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 370 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0287  RND family efflux transporter MFP subunit  34.49 
 
 		 362 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44923  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  31.73 
 
 		 369 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  31.73 
 
 		 369 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 361 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  31.13 
 
 		 369 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5368  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.1 
 
 		 362 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0514804  normal  0.515508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>