More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5362 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 371 aa  717    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  71.97 
 
 		 369 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3206  transport lipoprotein  73.58 
 
 		 371 aa  479  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443249  normal  0.0512525 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.77 
 
 		 371 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  66.58 
 
 		 371 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3320  efflux transporter, RND family, MFP subunit  67.92 
 
 		 371 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  70.89 
 
 		 371 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  72.86 
 
 		 369 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  69.4 
 
 		 375 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  72.29 
 
 		 369 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  66.67 
 
 		 369 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1298  secretion protein HlyD  71.67 
 
 		 374 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6532  RND family efflux transporter MFP subunit  71.67 
 
 		 374 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6139  RND family efflux transporter MFP subunit  70.82 
 
 		 374 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  64.77 
 
 		 368 aa  411  1e-114  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  64.21 
 
 		 369 aa  410  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  64.31 
 
 		 367 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  63.46 
 
 		 367 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  63.54 
 
 		 369 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  64.43 
 
 		 369 aa  380  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  63.59 
 
 		 369 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  63.42 
 
 		 367 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5654  RND family efflux transporter MFP subunit  61.9 
 
 		 395 aa  341  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0114559  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  54.97 
 
 		 348 aa  326  3e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  53.11 
 
 		 371 aa  305  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.032186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0999  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.46 
 
 		 366 aa  300  3e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.24 
 
 		 370 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.24 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  48.59 
 
 		 363 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  46.26 
 
 		 361 aa  249  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.26 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  38.38 
 
 		 368 aa  215  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  40.36 
 
 		 365 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  37.99 
 
 		 374 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  38.23 
 
 		 368 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  39.06 
 
 		 396 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.78 
 
 		 368 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  40.18 
 
 		 365 aa  186  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  38.38 
 
 		 418 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  38.82 
 
 		 368 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.99 
 
 		 371 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  41.16 
 
 		 398 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.26 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  35.85 
 
 		 394 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  37.05 
 
 		 523 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.44 
 
 		 417 aa  172  9e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  38.87 
 
 		 378 aa  170  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  39.26 
 
 		 387 aa  170  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  39.3 
 
 		 416 aa  169  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  40.75 
 
 		 385 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.6 
 
 		 402 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  37.05 
 
 		 390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.6 
 
 		 402 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  37.12 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  37.14 
 
 		 383 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  37.88 
 
 		 402 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 		 370 aa  164  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  36.26 
 
 		 405 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  37.03 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  36.83 
 
 		 367 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  33.15 
 
 		 367 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  39.42 
 
 		 393 aa  159  7e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  35.56 
 
 		 367 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.16 
 
 		 360 aa  156  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  36.39 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.9 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.5 
 
 		 379 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.55 
 
 		 379 aa  153  5.9999999999999996e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.38 
 
 		 397 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.13 
 
 		 384 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.69 
 
 		 357 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  34.24 
 
 		 369 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0591  RND family efflux transporter MFP subunit  32.21 
 
 		 350 aa  149  7e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  35.16 
 
 		 372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  35.51 
 
 		 372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.25 
 
 		 383 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  35.92 
 
 		 372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  33.97 
 
 		 369 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  33.97 
 
 		 369 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.76 
 
 		 372 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  33.24 
 
 		 364 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  36.55 
 
 		 362 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  34.79 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  35.17 
 
 		 363 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 384 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.37 
 
 		 379 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 369 aa  143  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.58 
 
 		 386 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  34.27 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  33.15 
 
 		 396 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  33.99 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  36.9 
 
 		 387 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  34.72 
 
 		 370 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  33.97 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 361 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  33.61 
 
 		 361 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 374 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  33.9 
 
 		 374 aa  139  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  32.53 
 
 		 367 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  34.6 
 
 		 364 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>