More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1356 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  100 
 
 		 365 aa  718    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  77.81 
 
 		 368 aa  548  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  77.46 
 
 		 374 aa  520  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  74.51 
 
 		 368 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  75.95 
 
 		 368 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.18 
 
 		 368 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.66 
 
 		 369 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  60.37 
 
 		 365 aa  358  8e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  51.12 
 
 		 394 aa  332  6e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.89 
 
 		 371 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  50.84 
 
 		 367 aa  318  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  48 
 
 		 396 aa  273  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  38.15 
 
 		 375 aa  202  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.34 
 
 		 371 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  37.99 
 
 		 523 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  38.07 
 
 		 369 aa  197  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.35 
 
 		 402 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  39.04 
 
 		 405 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  40.41 
 
 		 402 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  39.77 
 
 		 361 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  38.31 
 
 		 396 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.26 
 
 		 402 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.77 
 
 		 361 aa  193  5e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  39.43 
 
 		 363 aa  192  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  38.59 
 
 		 369 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  37.6 
 
 		 369 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.03 
 
 		 360 aa  189  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  37.6 
 
 		 369 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  37.6 
 
 		 369 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  38.04 
 
 		 368 aa  187  3e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  39.37 
 
 		 371 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3320  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.16 
 
 		 371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  40 
 
 		 362 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 		 418 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  37.64 
 
 		 403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  38.5 
 
 		 370 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  37.75 
 
 		 361 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.39 
 
 		 370 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  39.7 
 
 		 369 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  39.17 
 
 		 369 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  38.76 
 
 		 371 aa  180  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  36.98 
 
 		 367 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1298  secretion protein HlyD  40 
 
 		 374 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6532  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 374 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  37.64 
 
 		 371 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  37.64 
 
 		 371 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  37.64 
 
 		 371 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.22 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.11 
 
 		 369 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6139  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 374 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  38.26 
 
 		 369 aa  176  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.52 
 
 		 379 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 367 aa  176  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  37.68 
 
 		 369 aa  176  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  35.76 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  39.37 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  38.3 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.92 
 
 		 377 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.22 
 
 		 371 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.75 
 
 		 383 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  35.65 
 
 		 371 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3206  transport lipoprotein  38.84 
 
 		 371 aa  173  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443249  normal  0.0512525 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.58 
 
 		 370 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  38.53 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  37.61 
 
 		 396 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  36.75 
 
 		 394 aa  171  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.59 
 
 		 357 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  38.68 
 
 		 367 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  38.35 
 
 		 361 aa  169  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  33.91 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 379 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  34.81 
 
 		 384 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  35.07 
 
 		 348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  36.75 
 
 		 383 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.72 
 
 		 356 aa  166  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  35.78 
 
 		 368 aa  166  9e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 		 371 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.032186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.47 
 
 		 417 aa  163  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.67 
 
 		 384 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  37.72 
 
 		 398 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  32.86 
 
 		 372 aa  163  5.0000000000000005e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  33.63 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  35.86 
 
 		 369 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  32.58 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  37.65 
 
 		 355 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  37.43 
 
 		 378 aa  161  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5654  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 		 395 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0114559  normal  0.0122606 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  36.69 
 
 		 385 aa  160  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  32.74 
 
 		 374 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.17 
 
 		 357 aa  159  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  34.02 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  34.19 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  35.78 
 
 		 357 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  35.26 
 
 		 416 aa  158  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  35.61 
 
 		 367 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  36.98 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  34.3 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3506  RND family efflux transporter MFP subunit  35.51 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164445  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>