More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4222 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  100 
 
 		 368 aa  727    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  79.89 
 
 		 368 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  76.9 
 
 		 368 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  68.75 
 
 		 368 aa  510  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  75.73 
 
 		 365 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  72.55 
 
 		 374 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  56.56 
 
 		 365 aa  347  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.27 
 
 		 371 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  51.23 
 
 		 394 aa  335  9e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.13 
 
 		 369 aa  329  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  49.32 
 
 		 367 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  47.08 
 
 		 396 aa  275  6e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  39.61 
 
 		 375 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  37.82 
 
 		 369 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  38.66 
 
 		 369 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.35 
 
 		 360 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.94 
 
 		 371 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  39.49 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  36.49 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  36.39 
 
 		 523 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  36.87 
 
 		 403 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  36.49 
 
 		 369 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  36.49 
 
 		 369 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  38.97 
 
 		 361 aa  192  5e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.23 
 
 		 402 aa  192  7e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  38.76 
 
 		 405 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  36.16 
 
 		 396 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.9 
 
 		 402 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  40.06 
 
 		 402 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  40.34 
 
 		 371 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.68 
 
 		 361 aa  190  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  36.16 
 
 		 368 aa  190  4e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  37.64 
 
 		 371 aa  189  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  37.12 
 
 		 370 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  36.97 
 
 		 371 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  36.97 
 
 		 371 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  36.97 
 
 		 371 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.39 
 
 		 369 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1298  secretion protein HlyD  41.23 
 
 		 374 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6532  RND family efflux transporter MFP subunit  41.23 
 
 		 374 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  40 
 
 		 367 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.99 
 
 		 369 aa  186  8e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  38.55 
 
 		 369 aa  185  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6139  RND family efflux transporter MFP subunit  41.86 
 
 		 374 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  39.71 
 
 		 359 aa  184  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.92 
 
 		 383 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  37.65 
 
 		 367 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  39.13 
 
 		 367 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46580  putative multidrug efflux gene product  36.16 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000561033  hitchhiker  0.00000166961 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  39.62 
 
 		 370 aa  181  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  39.1 
 
 		 369 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  38.92 
 
 		 369 aa  181  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.4 
 
 		 379 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3206  transport lipoprotein  38.98 
 
 		 371 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0443249  normal  0.0512525 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  39.1 
 
 		 369 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 379 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3320  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.16 
 
 		 371 aa  179  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.591091  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.65 
 
 		 370 aa  178  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.84 
 
 		 361 aa  176  4e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 371 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  36.19 
 
 		 394 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.06 
 
 		 381 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  39.17 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  37.83 
 
 		 361 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  34.73 
 
 		 369 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  34.94 
 
 		 392 aa  172  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  35.95 
 
 		 368 aa  172  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  35.4 
 
 		 384 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.45 
 
 		 370 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  36.74 
 
 		 418 aa  171  3e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.51 
 
 		 377 aa  169  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  35.19 
 
 		 372 aa  169  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  36.15 
 
 		 367 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  34.88 
 
 		 372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  35.82 
 
 		 348 aa  166  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  35.73 
 
 		 367 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 355 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  33.24 
 
 		 374 aa  166  8e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  37.5 
 
 		 367 aa  165  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.88 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  35.57 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  35.76 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.032186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  32.5 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  35.47 
 
 		 396 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  35.03 
 
 		 361 aa  162  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  37.18 
 
 		 367 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.59 
 
 		 372 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.28 
 
 		 357 aa  161  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 		 369 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  36.93 
 
 		 398 aa  159  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  36.01 
 
 		 369 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  36.96 
 
 		 363 aa  159  8e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  35.11 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.82 
 
 		 357 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  36.2 
 
 		 374 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  33.05 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  34.31 
 
 		 354 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5654  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 395 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0114559  normal  0.0122606 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>