More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1943 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  100 
 
 		 523 aa  1038    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  71.46 
 
 		 405 aa  531  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.62 
 
 		 402 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.73 
 
 		 402 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  61.96 
 
 		 402 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  44.75 
 
 		 418 aa  280  5e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  45.8 
 
 		 390 aa  270  4e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  44.3 
 
 		 378 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.22 
 
 		 417 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  45.87 
 
 		 416 aa  254  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  45.86 
 
 		 385 aa  249  8e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  44.86 
 
 		 398 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.5 
 
 		 397 aa  244  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  44.85 
 
 		 387 aa  235  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  41.09 
 
 		 359 aa  219  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  36.8 
 
 		 367 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  44.3 
 
 		 365 aa  211  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  36.47 
 
 		 366 aa  211  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.42 
 
 		 379 aa  209  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  40.48 
 
 		 393 aa  209  8e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  38.23 
 
 		 367 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  40.73 
 
 		 363 aa  205  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  37.16 
 
 		 394 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  36.64 
 
 		 368 aa  204  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  37.68 
 
 		 384 aa  203  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.07 
 
 		 371 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  37.22 
 
 		 374 aa  197  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  40.62 
 
 		 362 aa  196  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  36.97 
 
 		 370 aa  196  9e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  35.07 
 
 		 367 aa  196  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.68 
 
 		 379 aa  195  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  38.58 
 
 		 367 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.55 
 
 		 369 aa  192  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.93 
 
 		 370 aa  192  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.72 
 
 		 360 aa  190  5.999999999999999e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  37.93 
 
 		 365 aa  190  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.65 
 
 		 361 aa  187  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.79 
 
 		 379 aa  187  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  36.36 
 
 		 368 aa  187  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  36.24 
 
 		 396 aa  187  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  38.18 
 
 		 361 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  39.49 
 
 		 363 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  34.24 
 
 		 369 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.43 
 
 		 361 aa  184  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 366 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  34.33 
 
 		 361 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.55 
 
 		 366 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  36.55 
 
 		 366 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 368 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  35.28 
 
 		 368 aa  179  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  34.43 
 
 		 369 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  34.43 
 
 		 369 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  34.43 
 
 		 369 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  34.33 
 
 		 370 aa  177  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0821  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.79 
 
 		 371 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  36.71 
 
 		 369 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  35.24 
 
 		 368 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 366 aa  174  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  33.88 
 
 		 396 aa  174  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  36.02 
 
 		 358 aa  173  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 392 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5640  secretion protein HlyD  36.08 
 
 		 375 aa  173  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  37.71 
 
 		 348 aa  170  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.14 
 
 		 356 aa  170  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2193  secretion protein HlyD  38.46 
 
 		 367 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00691004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3506  RND family efflux transporter MFP subunit  36.08 
 
 		 364 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1424  RND family mulitdrug efflux protein  35.54 
 
 		 358 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.07 
 
 		 357 aa  167  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  34.17 
 
 		 369 aa  167  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0940  component of multidrug efflux system  37.42 
 
 		 368 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  34.44 
 
 		 364 aa  166  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  36.78 
 
 		 374 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6578  RND family efflux transporter MFP subunit  37.42 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.845685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  37.32 
 
 		 361 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  36.47 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.59 
 
 		 384 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 357 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6292  RND family efflux transporter MFP subunit  37.42 
 
 		 369 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.585328  hitchhiker  0.00894017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  36.21 
 
 		 355 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1298  secretion protein HlyD  37.27 
 
 		 374 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6532  RND family efflux transporter MFP subunit  37.27 
 
 		 374 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  35.93 
 
 		 355 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.92 
 
 		 369 aa  163  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.331949  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  37.1 
 
 		 361 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 371 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 364 aa  162  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.97 
 
 		 381 aa  161  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.67 
 
 		 383 aa  160  5e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3547  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 		 371 aa  159  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  35.73 
 
 		 355 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6139  RND family efflux transporter MFP subunit  36.67 
 
 		 374 aa  158  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  31.62 
 
 		 403 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.71 
 
 		 357 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  35.44 
 
 		 387 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  34.2 
 
 		 355 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3140  RND family efflux transporter MFP subunit  38.61 
 
 		 369 aa  156  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  34.66 
 
 		 354 aa  156  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  33.05 
 
 		 374 aa  156  9e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1873  RND family efflux transporter MFP subunit  39.17 
 
 		 369 aa  155  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.540389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  34.93 
 
 		 361 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>