More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3112 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 374 aa  758    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  71.47 
 
 		 375 aa  550  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  60.53 
 
 		 371 aa  454  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  58.56 
 
 		 370 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  58.4 
 
 		 373 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  57.83 
 
 		 373 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  57.56 
 
 		 370 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  57.83 
 
 		 373 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  55.38 
 
 		 374 aa  411  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1390  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.3 
 
 		 368 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  59.88 
 
 		 368 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  59.88 
 
 		 368 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3131  RND family efflux transporter MFP subunit  59.3 
 
 		 368 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.419387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  55.15 
 
 		 370 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  55.81 
 
 		 370 aa  397  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  56.41 
 
 		 373 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.87 
 
 		 379 aa  178  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  31.88 
 
 		 379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0251  efflux transporter  30.64 
 
 		 383 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  33.05 
 
 		 510 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  34.05 
 
 		 631 aa  114  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 		 363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 		 418 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  27.07 
 
 		 377 aa  99.8  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 377 aa  99  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.05 
 
 		 417 aa  99  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 358 aa  97.1  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.3 
 
 		 388 aa  97.1  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 385 aa  96.3  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.37 
 
 		 383 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 		 368 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  24.51 
 
 		 366 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  27.68 
 
 		 358 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  23.76 
 
 		 371 aa  94.7  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 		 359 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.76 
 
 		 381 aa  93.2  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 354 aa  92.8  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  27.79 
 
 		 387 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.84 
 
 		 354 aa  92.8  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.07 
 
 		 361 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  26.67 
 
 		 368 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.03 
 
 		 402 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  26.04 
 
 		 405 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 370 aa  90.5  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  27.46 
 
 		 402 aa  90.5  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 410 aa  90.5  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 354 aa  90.1  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 354 aa  90.1  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 374 aa  89.7  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 		 377 aa  89.7  7e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  23.21 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  23.1 
 
 		 390 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  23.31 
 
 		 367 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.84 
 
 		 384 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 402 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  29.81 
 
 		 382 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 		 416 aa  86.7  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  24.03 
 
 		 393 aa  86.7  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  27.61 
 
 		 354 aa  86.3  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  26.23 
 
 		 353 aa  85.9  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  24.48 
 
 		 355 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.82 
 
 		 407 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  29.09 
 
 		 407 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1063  hypothetical protein  33.17 
 
 		 262 aa  85.9  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2368  secretion protein HlyD  25.38 
 
 		 376 aa  85.1  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.108323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  25 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 		 395 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0289  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 378 aa  84  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.904783  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.72 
 
 		 386 aa  84  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.1 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  24.28 
 
 		 365 aa  83.6  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  22.05 
 
 		 523 aa  83.6  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  24.93 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  25.88 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  27.38 
 
 		 467 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.98 
 
 		 374 aa  83.6  0.000000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  25.56 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.74 
 
 		 356 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  26.48 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  26.57 
 
 		 368 aa  82.4  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  26.29 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  23.94 
 
 		 387 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.76 
 
 		 380 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 437 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.36 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.23 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 368 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 437 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  25.41 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 392 aa  80.9  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  26.52 
 
 		 398 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  25.62 
 
 		 367 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 		 357 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>