More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2342 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  100 
 
 		 370 aa  749    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  54.13 
 
 		 374 aa  401  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  54.16 
 
 		 370 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  56.71 
 
 		 375 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  52.43 
 
 		 370 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  52.07 
 
 		 370 aa  382  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  54.44 
 
 		 371 aa  378  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  54.14 
 
 		 368 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1390  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.65 
 
 		 368 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  53.8 
 
 		 368 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3131  RND family efflux transporter MFP subunit  53.59 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.419387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  52.34 
 
 		 373 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  52.84 
 
 		 373 aa  366  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  52.04 
 
 		 373 aa  365  1e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  52.34 
 
 		 373 aa  364  1e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  51.77 
 
 		 374 aa  360  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  37.69 
 
 		 379 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.28 
 
 		 379 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  35.66 
 
 		 510 aa  158  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0251  efflux transporter  32.09 
 
 		 383 aa  150  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 371 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  35.06 
 
 		 631 aa  113  5e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.84 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  29.84 
 
 		 376 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  32.38 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  30.03 
 
 		 360 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 365 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.43 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  28.83 
 
 		 523 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  28.61 
 
 		 394 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  29.54 
 
 		 405 aa  99.8  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  29.72 
 
 		 402 aa  99  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  27.46 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 		 363 aa  99  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1586  secretion protein HlyD  27.52 
 
 		 377 aa  99.4  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000231295  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.49 
 
 		 362 aa  99  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  27.33 
 
 		 367 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.33 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  27.35 
 
 		 367 aa  97.8  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  25.72 
 
 		 372 aa  97.8  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  27.76 
 
 		 367 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  27.67 
 
 		 406 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 361 aa  96.7  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  26.41 
 
 		 380 aa  96.7  6e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 		 417 aa  95.9  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 382 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.73 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 369 aa  94  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 416 aa  93.6  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  28.24 
 
 		 419 aa  93.6  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 379 aa  93.2  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 385 aa  93.2  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 		 366 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.69 
 
 		 402 aa  92.8  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 418 aa  92.8  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  27.1 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 		 381 aa  92  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  26.51 
 
 		 354 aa  92.4  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  26.61 
 
 		 361 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  25.2 
 
 		 407 aa  92.4  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.69 
 
 		 402 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.89 
 
 		 374 aa  91.7  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 382 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  27.62 
 
 		 368 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  26.04 
 
 		 386 aa  90.9  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 363 aa  90.5  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 		 359 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 354 aa  90.9  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  26.03 
 
 		 396 aa  90.1  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  26.06 
 
 		 371 aa  90.1  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  28.03 
 
 		 404 aa  90.5  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.48 
 
 		 365 aa  89.7  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 380 aa  89.7  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  24.67 
 
 		 350 aa  89  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.92 
 
 		 384 aa  89  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  27.35 
 
 		 380 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 403 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  27.57 
 
 		 374 aa  89.4  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 		 379 aa  88.6  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.92 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  25.9 
 
 		 415 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 365 aa  88.6  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1549  membrane fusion protein precursor  26.92 
 
 		 411 aa  88.6  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.96 
 
 		 383 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 360 aa  87.8  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 360 aa  87.8  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 355 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.59 
 
 		 354 aa  87.4  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  26.43 
 
 		 390 aa  87.4  4e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  26.67 
 
 		 455 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.83 
 
 		 415 aa  87  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  26.05 
 
 		 415 aa  87  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  27.12 
 
 		 357 aa  87  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  25.48 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.78 
 
 		 356 aa  87  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>