More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0364 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
362 aa  718    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.92 
 
 
390 aa  281  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.1 
 
 
357 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.09 
 
 
362 aa  261  2e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  39.71 
 
 
352 aa  257  2e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  42.26 
 
 
371 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.01 
 
 
351 aa  250  3e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  39.56 
 
 
357 aa  249  5e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.5 
 
 
367 aa  242  6e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 
353 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  35.02 
 
 
349 aa  178  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 
374 aa  175  9e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  33.33 
 
 
360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  33.99 
 
 
354 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  31.39 
 
 
376 aa  162  8.000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.79 
 
 
380 aa  161  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  32.32 
 
 
361 aa  162  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.97 
 
 
388 aa  159  8e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  33.78 
 
 
365 aa  159  9e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  32.42 
 
 
361 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.13 
 
 
371 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.33 
 
 
340 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 
355 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  32.33 
 
 
360 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  32.33 
 
 
360 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  31.68 
 
 
372 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  32.88 
 
 
360 aa  155  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  33.44 
 
 
360 aa  154  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  32.65 
 
 
360 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  32.67 
 
 
360 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  31.18 
 
 
361 aa  152  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  31.67 
 
 
376 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.66 
 
 
360 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  32.66 
 
 
360 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  32.88 
 
 
360 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  32.54 
 
 
385 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  32.57 
 
 
376 aa  150  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 
390 aa  150  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 
366 aa  150  5e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  31.51 
 
 
361 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.01 
 
 
363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.01 
 
 
363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  31.37 
 
 
361 aa  146  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  31.99 
 
 
372 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 
392 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 
358 aa  145  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  32.69 
 
 
406 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  32.37 
 
 
382 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  29.15 
 
 
353 aa  143  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 
434 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  32.92 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 
366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 
382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  32.36 
 
 
369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.48 
 
 
397 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  30.07 
 
 
373 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 
365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 
365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 
365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 
365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 
365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 
365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 
365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  29.03 
 
 
380 aa  139  7.999999999999999e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  30.48 
 
 
372 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 
381 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 
364 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.86 
 
 
372 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.33 
 
 
368 aa  138  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  30.64 
 
 
360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 
372 aa  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  29.71 
 
 
371 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 
372 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  31.11 
 
 
394 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 
365 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  30.03 
 
 
360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 
350 aa  134  3e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  29.1 
 
 
351 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  30.13 
 
 
377 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 
374 aa  133  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  28.36 
 
 
368 aa  133  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 
351 aa  132  7.999999999999999e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  31.62 
 
 
368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  31.05 
 
 
366 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 
415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.87 
 
 
370 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 
394 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  31.21 
 
 
382 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.75 
 
 
368 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  30.31 
 
 
467 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1025  RND family efflux transporter MFP subunit  30.82 
 
 
437 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0127798  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.73 
 
 
383 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  32.39 
 
 
401 aa  128  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  30.31 
 
 
405 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  31.69 
 
 
368 aa  127  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.97 
 
 
375 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 
365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.29 
 
 
379 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.77 
 
 
360 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>