More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2000 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
360 aa  723    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
360 aa  723    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  39 
 
 
373 aa  252  8.000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.11 
 
 
377 aa  252  9.000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  35.88 
 
 
366 aa  176  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  34.93 
 
 
366 aa  172  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 
374 aa  161  2e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 
386 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.37 
 
 
353 aa  146  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 
379 aa  145  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 
349 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  30.29 
 
 
410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 
388 aa  139  7e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 
364 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  29.51 
 
 
351 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 
407 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  28.99 
 
 
407 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 
377 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 
345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  29.28 
 
 
376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 
365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  29.47 
 
 
407 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 
376 aa  126  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 
365 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 
371 aa  122  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.24 
 
 
442 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 
375 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 
370 aa  119  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  26.92 
 
 
432 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  26.16 
 
 
342 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.59 
 
 
355 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 
390 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.79 
 
 
366 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.07 
 
 
354 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 
337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.64 
 
 
367 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  26.97 
 
 
367 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.92 
 
 
366 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 
367 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 
352 aa  115  8.999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 
359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  31.61 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.66 
 
 
365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  32.91 
 
 
359 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.56 
 
 
337 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 
337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 
337 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  30.46 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.2 
 
 
388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 
407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 
340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 
337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 
352 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  30.08 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  28.95 
 
 
370 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 
337 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 
386 aa  109  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 
409 aa  109  7.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 
373 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 
391 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.11 
 
 
391 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 
392 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  29.17 
 
 
411 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  30.08 
 
 
422 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  28.85 
 
 
372 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 
337 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  28.85 
 
 
372 aa  107  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  24.87 
 
 
369 aa  107  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 
422 aa  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  31.2 
 
 
391 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  29.37 
 
 
387 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 
361 aa  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  26.88 
 
 
364 aa  107  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  26.89 
 
 
337 aa  106  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  27.12 
 
 
409 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  26.24 
 
 
360 aa  106  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.85 
 
 
433 aa  106  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 
391 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 
361 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  27.49 
 
 
334 aa  106  6e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  28.52 
 
 
398 aa  105  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.32 
 
 
353 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 
390 aa  105  1e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 
379 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  29.49 
 
 
419 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.37 
 
 
356 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  29.18 
 
 
409 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  30.35 
 
 
391 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  28.85 
 
 
391 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  26.79 
 
 
386 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 
399 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 
364 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 
356 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  27.62 
 
 
392 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 
414 aa  103  3e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  28.45 
 
 
429 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.36 
 
 
369 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 
399 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  28.84 
 
 
398 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>