More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1278 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  100 
 
 		 370 aa  748    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  66.67 
 
 		 373 aa  473  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  56.86 
 
 		 370 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  55.15 
 
 		 374 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  58.33 
 
 		 374 aa  391  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  55 
 
 		 373 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  58.24 
 
 		 368 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1390  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.95 
 
 		 368 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  58.24 
 
 		 368 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3131  RND family efflux transporter MFP subunit  58.86 
 
 		 368 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.419387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  57.35 
 
 		 373 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  53.99 
 
 		 375 aa  383  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  56.52 
 
 		 373 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  53.37 
 
 		 370 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  52 
 
 		 370 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  50.14 
 
 		 371 aa  348  6e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32 
 
 		 379 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  30.27 
 
 		 379 aa  156  6e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  36.41 
 
 		 510 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0251  efflux transporter  29.21 
 
 		 383 aa  139  7e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 		 631 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  25.94 
 
 		 366 aa  106  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  26.16 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.78 
 
 		 356 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.2 
 
 		 356 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 366 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 367 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  30.38 
 
 		 407 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 		 364 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 372 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 372 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  25.14 
 
 		 368 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  27.33 
 
 		 372 aa  94.4  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 		 371 aa  94.4  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  30.47 
 
 		 410 aa  94  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.76 
 
 		 407 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  26.46 
 
 		 523 aa  93.6  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 372 aa  92.8  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 356 aa  92.4  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  30.13 
 
 		 349 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1586  secretion protein HlyD  27.32 
 
 		 377 aa  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000231295  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.5 
 
 		 386 aa  91.3  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 363 aa  91.3  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  25.58 
 
 		 376 aa  90.9  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 		 366 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 352 aa  90.5  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 349 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  24.86 
 
 		 353 aa  90.9  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  25.86 
 
 		 367 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.94 
 
 		 381 aa  90.1  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  27.88 
 
 		 357 aa  89.7  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.55 
 
 		 367 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 383 aa  89  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  25.63 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 387 aa  87.8  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  29.34 
 
 		 405 aa  88.6  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  24.22 
 
 		 370 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.5 
 
 		 379 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  24.68 
 
 		 403 aa  87.8  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 384 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 348 aa  87.4  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  30.77 
 
 		 409 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 387 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 349 aa  87.4  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 393 aa  86.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 368 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  24.44 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  25.88 
 
 		 357 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.68 
 
 		 367 aa  85.5  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  28.21 
 
 		 363 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  23.71 
 
 		 369 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.09 
 
 		 380 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  23.71 
 
 		 369 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 395 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.2 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  24.68 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  24.68 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  24.68 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  26.89 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  25.9 
 
 		 374 aa  84  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  25.2 
 
 		 418 aa  83.6  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 417 aa  83.6  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.59 
 
 		 377 aa  83.6  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  22.75 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  24.59 
 
 		 394 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  24.51 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  25.64 
 
 		 416 aa  83.2  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 384 aa  82.8  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  24.39 
 
 		 361 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.21 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  23.53 
 
 		 380 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  30.04 
 
 		 489 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  26.51 
 
 		 379 aa  82  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  25.55 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  22.93 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 398 aa  82  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.36 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>