More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1001 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 347 aa  705    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.29 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.39 
 
 		 356 aa  230  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.870184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0508  RND family efflux transporter MFP subunit  32.84 
 
 		 363 aa  174  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1536  RND family efflux transporter MFP subunit  32.47 
 
 		 367 aa  164  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 		 356 aa  119  6e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  23.39 
 
 		 354 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 354 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  26.93 
 
 		 354 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 354 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 354 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  23.48 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  22.77 
 
 		 368 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  24.51 
 
 		 366 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  23.37 
 
 		 352 aa  106  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.47 
 
 		 377 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.83 
 
 		 383 aa  106  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  23.47 
 
 		 354 aa  105  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.52 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  22.25 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  22.25 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  23.36 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 345 aa  104  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3255  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 388 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.68 
 
 		 379 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.9 
 
 		 357 aa  103  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  26.63 
 
 		 367 aa  102  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  23.13 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3735  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 410 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.83 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0650  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.33 
 
 		 410 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0627  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 405 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0654  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 410 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  24.27 
 
 		 369 aa  100  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4015  hypothetical protein  25 
 
 		 435 aa  100  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  22.79 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  22.48 
 
 		 363 aa  100  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.7 
 
 		 354 aa  99.8  6e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  27.2 
 
 		 353 aa  99.4  8e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 403 aa  99.4  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  26.13 
 
 		 381 aa  99  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.58 
 
 		 374 aa  99  1e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 372 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1342  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.66 
 
 		 365 aa  97.8  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.754197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 357 aa  97.1  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  29.32 
 
 		 366 aa  96.7  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 371 aa  96.3  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 376 aa  96.3  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  24.72 
 
 		 359 aa  96.7  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  24.63 
 
 		 364 aa  94.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  21.43 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 355 aa  94  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 343 aa  93.6  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  23.48 
 
 		 367 aa  94  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  26.22 
 
 		 343 aa  93.6  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 380 aa  93.2  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  22.38 
 
 		 368 aa  93.2  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 397 aa  93.2  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  22.83 
 
 		 368 aa  92.8  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  24.53 
 
 		 382 aa  92.8  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 		 374 aa  92.8  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  24.48 
 
 		 353 aa  92.4  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.86 
 
 		 349 aa  92.4  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.38 
 
 		 352 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 359 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 358 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 378 aa  90.9  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  24.92 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  23.68 
 
 		 372 aa  90.5  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  25 
 
 		 367 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  23.15 
 
 		 405 aa  90.1  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 379 aa  89.7  6e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.37 
 
 		 366 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 		 384 aa  89.7  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  26.33 
 
 		 369 aa  89.4  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 369 aa  89.4  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  23.94 
 
 		 370 aa  89.4  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.84 
 
 		 426 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 390 aa  89  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  24.05 
 
 		 421 aa  89  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  22.64 
 
 		 393 aa  89  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 385 aa  89  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.71 
 
 		 361 aa  89  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 386 aa  88.2  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.26 
 
 		 368 aa  88.6  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  25.96 
 
 		 374 aa  88.2  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  23.68 
 
 		 372 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 350 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  21.63 
 
 		 372 aa  87.8  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  26.36 
 
 		 253 aa  87  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  23.23 
 
 		 405 aa  87.4  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  25.56 
 
 		 523 aa  87  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  25 
 
 		 407 aa  87  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>