More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0962 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  100 
 
 		 405 aa  813    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  34.32 
 
 		 379 aa  169  7e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.79 
 
 		 397 aa  149  6e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 377 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  32.92 
 
 		 364 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  30.88 
 
 		 380 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  30.91 
 
 		 370 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 		 376 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 375 aa  134  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.59 
 
 		 380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 348 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  29.82 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  31.88 
 
 		 374 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 356 aa  127  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  26.65 
 
 		 348 aa  126  6e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  27.93 
 
 		 399 aa  126  8.000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 424 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 387 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.7 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 		 380 aa  123  4e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.37 
 
 		 388 aa  124  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  27.57 
 
 		 376 aa  124  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 372 aa  123  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  30.03 
 
 		 354 aa  123  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 354 aa  123  7e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.89 
 
 		 404 aa  122  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  34.44 
 
 		 402 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.07 
 
 		 419 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.07 
 
 		 419 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  28.41 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 		 400 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.63 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  28.09 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 369 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.68 
 
 		 369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  29.08 
 
 		 361 aa  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.67 
 
 		 379 aa  121  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.68 
 
 		 369 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.23 
 
 		 426 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.68 
 
 		 369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  28.24 
 
 		 369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  26.6 
 
 		 368 aa  120  4.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 360 aa  120  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 369 aa  120  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  31.29 
 
 		 407 aa  119  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.15 
 
 		 363 aa  119  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.15 
 
 		 363 aa  119  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 		 386 aa  119  7e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  29.79 
 
 		 423 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.59 
 
 		 367 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  31.87 
 
 		 403 aa  119  9e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  27.88 
 
 		 376 aa  119  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  30.21 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  28.75 
 
 		 376 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2146  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0449485  normal  0.0115764 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  32.76 
 
 		 444 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 349 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  28.86 
 
 		 418 aa  116  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 349 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  26.84 
 
 		 360 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 368 aa  115  8.999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.09 
 
 		 428 aa  116  8.999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.64 
 
 		 375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.43 
 
 		 427 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  24.33 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.34 
 
 		 386 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.65 
 
 		 426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  28.61 
 
 		 412 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  32.12 
 
 		 405 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  27.57 
 
 		 421 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 		 421 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 		 421 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  30.06 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  28.82 
 
 		 377 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.7 
 
 		 400 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.25 
 
 		 432 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  26.41 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 381 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  25.62 
 
 		 451 aa  114  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 360 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 417 aa  113  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 357 aa  113  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 367 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  27.79 
 
 		 380 aa  113  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  31.76 
 
 		 418 aa  113  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 360 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 360 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 		 361 aa  112  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25.13 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  28.75 
 
 		 421 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  26.01 
 
 		 404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.09 
 
 		 365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 432 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>