More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2954 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
364 aa  724    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  35.77 
 
 
376 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 
377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 
397 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  34.43 
 
 
379 aa  154  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  32.29 
 
 
405 aa  143  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  30.85 
 
 
380 aa  139  4.999999999999999e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 
426 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  26.63 
 
 
368 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  29.01 
 
 
398 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 
404 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  28.61 
 
 
399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 
350 aa  130  3e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  30.25 
 
 
399 aa  129  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  26.34 
 
 
368 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  29.09 
 
 
388 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  29.32 
 
 
380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.23 
 
 
358 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  28.18 
 
 
357 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 
388 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.22 
 
 
404 aa  127  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 
374 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  29.87 
 
 
354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 
358 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.33 
 
 
379 aa  125  9e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  30.49 
 
 
376 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  30.34 
 
 
350 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.98 
 
 
367 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  28.08 
 
 
370 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  27.4 
 
 
404 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 
354 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.48 
 
 
349 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 
358 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 
380 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.48 
 
 
379 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  27.67 
 
 
369 aa  123  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.99 
 
 
376 aa  123  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 
405 aa  123  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 
354 aa  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 
354 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  30.6 
 
 
423 aa  122  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  30.5 
 
 
394 aa  122  8e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  28.61 
 
 
352 aa  122  9e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 
370 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  30.09 
 
 
418 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  26.91 
 
 
406 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 
354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 
354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  30.24 
 
 
424 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 
354 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 
400 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  27.7 
 
 
354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 
415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  29.73 
 
 
394 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  27.02 
 
 
405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 
360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 
360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  29.91 
 
 
371 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  27.98 
 
 
360 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  26.06 
 
 
372 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  29.91 
 
 
371 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 
371 aa  119  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 
371 aa  119  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 
371 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 
372 aa  119  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 
428 aa  119  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 
371 aa  119  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 
369 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.91 
 
 
371 aa  119  7e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 
390 aa  119  7e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 
353 aa  119  7e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.45 
 
 
419 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 
376 aa  119  9e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 
372 aa  119  9e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.05 
 
 
372 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 
405 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  30.67 
 
 
369 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  31.09 
 
 
363 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 
379 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.75 
 
 
580 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 
353 aa  119  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  29.91 
 
 
371 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 
368 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 
376 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.45 
 
 
419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 
340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 
369 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  27.41 
 
 
400 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  29.51 
 
 
421 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  28.13 
 
 
376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.27 
 
 
375 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 
365 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 
369 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.25 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 
376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 
363 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  29.61 
 
 
371 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>