More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4005 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 387 aa  757    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  61.94 
 
 		 385 aa  431  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  59.47 
 
 		 382 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.66 
 
 		 379 aa  410  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  60.61 
 
 		 386 aa  396  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  40.58 
 
 		 385 aa  238  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 354 aa  142  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 357 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  29 
 
 		 354 aa  136  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.75 
 
 		 383 aa  133  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 		 354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.87 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.84 
 
 		 354 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  27.33 
 
 		 376 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  29.13 
 
 		 405 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  28.17 
 
 		 370 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  30.7 
 
 		 354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 354 aa  126  6e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.29 
 
 		 376 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 354 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.72 
 
 		 380 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 		 368 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.07 
 
 		 377 aa  123  6e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 358 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 358 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  29.77 
 
 		 363 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.69 
 
 		 379 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.79 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  29.7 
 
 		 352 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  29.2 
 
 		 399 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 		 427 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.79 
 
 		 380 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  28.36 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.17 
 
 		 413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 395 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 405 aa  113  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  27.95 
 
 		 405 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  31.3 
 
 		 404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 		 380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 388 aa  111  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  26.62 
 
 		 421 aa  110  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 		 380 aa  110  5e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 		 351 aa  109  6e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  23.66 
 
 		 374 aa  109  7.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 369 aa  109  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 		 340 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  26.78 
 
 		 353 aa  109  9.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  27.78 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.57 
 
 		 430 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.43 
 
 		 397 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 		 413 aa  109  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 426 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 426 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.08 
 
 		 372 aa  107  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  23.32 
 
 		 392 aa  107  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  27.59 
 
 		 381 aa  107  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  28.52 
 
 		 403 aa  106  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.72 
 
 		 409 aa  106  6e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.12 
 
 		 404 aa  106  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 471 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 		 370 aa  104  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  26.34 
 
 		 376 aa  104  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 376 aa  104  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 414 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  28.4 
 
 		 377 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2818  secretion protein HlyD  26.93 
 
 		 376 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 374 aa  103  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  24.52 
 
 		 378 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.26 
 
 		 419 aa  103  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.08 
 
 		 428 aa  103  7e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 		 376 aa  103  7e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0236  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.04 
 
 		 379 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.94922  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.35 
 
 		 453 aa  102  9e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  27.41 
 
 		 417 aa  102  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 402 aa  102  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 419 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  28.45 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  26.59 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  24.29 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 363 aa  101  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  30.47 
 
 		 430 aa  101  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 352 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  29.15 
 
 		 358 aa  101  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 365 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 363 aa  101  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  24.56 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.4 
 
 		 402 aa  100  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1349  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.35 
 
 		 409 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0580213 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 		 408 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.54 
 
 		 430 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 489 aa  100  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  27.99 
 
 		 380 aa  99.8  8e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>