More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4108 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  100 
 
 		 391 aa  761    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  43.59 
 
 		 426 aa  255  8e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  45.11 
 
 		 413 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.26 
 
 		 413 aa  251  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.11 
 
 		 413 aa  247  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  41.26 
 
 		 378 aa  239  8e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  44.74 
 
 		 385 aa  235  9e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  44.74 
 
 		 408 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.99 
 
 		 396 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.99 
 
 		 396 aa  230  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  37.85 
 
 		 395 aa  224  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  43.39 
 
 		 427 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  44.89 
 
 		 402 aa  220  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.6 
 
 		 402 aa  218  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 		 409 aa  218  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.33 
 
 		 414 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 389 aa  203  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  38.44 
 
 		 397 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  39.71 
 
 		 386 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  39.71 
 
 		 390 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 396 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.14 
 
 		 396 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  38.79 
 
 		 392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.57 
 
 		 390 aa  159  8e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  37.61 
 
 		 362 aa  157  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  36.07 
 
 		 383 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 358 aa  150  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  37.88 
 
 		 396 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  36.04 
 
 		 391 aa  146  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  35.63 
 
 		 394 aa  145  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.01 
 
 		 410 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 386 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  35.69 
 
 		 375 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  41.05 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  36.45 
 
 		 378 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  33.52 
 
 		 363 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  32.66 
 
 		 367 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  31.86 
 
 		 389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  31.1 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  30.14 
 
 		 347 aa  126  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 413 aa  126  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.01 
 
 		 379 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.34 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.01 
 
 		 379 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.32 
 
 		 371 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  30.55 
 
 		 377 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.75 
 
 		 357 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  30.7 
 
 		 404 aa  114  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  31.97 
 
 		 440 aa  112  9e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  34.29 
 
 		 1405 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  35.14 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.91 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  38.38 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  35.45 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  32.68 
 
 		 396 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.08 
 
 		 376 aa  106  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  34.57 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  37.84 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.46 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 442 aa  103  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  31.51 
 
 		 609 aa  102  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.48 
 
 		 351 aa  102  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  29.11 
 
 		 379 aa  101  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 		 393 aa  100  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  35.94 
 
 		 306 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  35 
 
 		 295 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  33.33 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  32.8 
 
 		 295 aa  96.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.4 
 
 		 377 aa  95.1  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  25.91 
 
 		 352 aa  95.5  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  31.76 
 
 		 359 aa  93.6  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  29.97 
 
 		 399 aa  93.6  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  33.88 
 
 		 296 aa  92.8  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  27.82 
 
 		 382 aa  91.3  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 306 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 377 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 385 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 379 aa  90.9  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  29.28 
 
 		 427 aa  90.5  5e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  25.34 
 
 		 417 aa  90.5  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  28.25 
 
 		 357 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  30.65 
 
 		 317 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 		 372 aa  88.6  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 		 348 aa  87.8  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  26.85 
 
 		 385 aa  87.4  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 386 aa  87  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 349 aa  87  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 410 aa  86.7  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 		 431 aa  86.3  8e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  28.82 
 
 		 471 aa  86.3  9e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1044  nodulation protein NolF  31.25 
 
 		 395 aa  85.9  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.991845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  31.34 
 
 		 293 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  29.81 
 
 		 370 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  29.77 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.76 
 
 		 442 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.32 
 
 		 376 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 440 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 		 388 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>