More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2968 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 413 aa  801    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  67.48 
 
 		 375 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  51.94 
 
 		 367 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.78 
 
 		 357 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  48.78 
 
 		 377 aa  294  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  49.25 
 
 		 351 aa  287  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.48 
 
 		 371 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  48.51 
 
 		 383 aa  269  8e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  45.82 
 
 		 378 aa  256  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  46.18 
 
 		 391 aa  249  5e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  45.59 
 
 		 362 aa  247  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  45.61 
 
 		 394 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.13 
 
 		 379 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.13 
 
 		 379 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  41.81 
 
 		 392 aa  239  5.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.48 
 
 		 390 aa  234  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  43.48 
 
 		 390 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 		 396 aa  232  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.89 
 
 		 410 aa  225  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  42.29 
 
 		 1405 aa  209  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 386 aa  163  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 		 442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  34.34 
 
 		 363 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  28.87 
 
 		 440 aa  136  7.000000000000001e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.61 
 
 		 413 aa  135  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  32.34 
 
 		 413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  32.95 
 
 		 391 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.18 
 
 		 413 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  31.32 
 
 		 395 aa  122  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 409 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 426 aa  119  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  29.41 
 
 		 427 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 		 385 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  28.41 
 
 		 378 aa  113  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  32.93 
 
 		 427 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  30.93 
 
 		 408 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.93 
 
 		 396 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.83 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  30.11 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.96 
 
 		 380 aa  104  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  29.69 
 
 		 372 aa  103  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  29.16 
 
 		 358 aa  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  29.69 
 
 		 372 aa  103  7e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  32.38 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.54 
 
 		 414 aa  100  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  30.7 
 
 		 390 aa  100  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  30.7 
 
 		 386 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.67 
 
 		 353 aa  99  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 385 aa  99.4  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.25 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 405 aa  97.4  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  31.05 
 
 		 381 aa  96.3  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 		 368 aa  96.3  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 		 396 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 		 396 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 354 aa  95.1  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 472 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.72 
 
 		 402 aa  94  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 354 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 		 393 aa  92.8  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 		 354 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.73 
 
 		 397 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 354 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 389 aa  92.8  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.42 
 
 		 402 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  31.6 
 
 		 389 aa  92.4  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  27.35 
 
 		 364 aa  92.4  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  28.74 
 
 		 478 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 478 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 354 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 376 aa  90.1  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 358 aa  90.1  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  30.74 
 
 		 370 aa  89  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  27.59 
 
 		 376 aa  89.4  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 		 356 aa  89.4  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 358 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  27.45 
 
 		 354 aa  88.6  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.28 
 
 		 367 aa  89  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.07 
 
 		 383 aa  88.2  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.49 
 
 		 359 aa  87.8  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 		 455 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 359 aa  87.4  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  27.52 
 
 		 354 aa  87.4  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 363 aa  86.7  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  31.14 
 
 		 359 aa  85.9  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 455 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 380 aa  86.3  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  27.7 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  30.38 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 372 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  30.21 
 
 		 609 aa  84.3  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.71 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.72 
 
 		 372 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  26.56 
 
 		 352 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  33.12 
 
 		 404 aa  84.3  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.25 
 
 		 360 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  31.39 
 
 		 418 aa  83.6  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 455 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 347 aa  83.6  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>