More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5985 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  90.13 
 
 		 472 aa  641    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  96.26 
 
 		 455 aa  788    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  89.61 
 
 		 478 aa  636    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 455 aa  897    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  89.61 
 
 		 478 aa  636    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.37 
 
 		 455 aa  543  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  67.1 
 
 		 419 aa  528  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  68.63 
 
 		 419 aa  474  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  49.86 
 
 		 398 aa  350  4e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  51.41 
 
 		 467 aa  340  4e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1817  secretion protein HlyD  50.12 
 
 		 405 aa  335  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00656691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.78 
 
 		 401 aa  325  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  44.23 
 
 		 381 aa  298  1e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  48.37 
 
 		 391 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  47.48 
 
 		 391 aa  289  8e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.93 
 
 		 400 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  39.86 
 
 		 414 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  42.74 
 
 		 401 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 		 401 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5686  RND family efflux transporter MFP subunit  41.84 
 
 		 401 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.214167 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  40.16 
 
 		 400 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.06 
 
 		 393 aa  273  5.000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3361  RND efflux system membrane fusion protein  43.51 
 
 		 395 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.42 
 
 		 437 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.42 
 
 		 437 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1141  RND efflux system membrane fusion protein  45.02 
 
 		 394 aa  269  7e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.55527 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  41.46 
 
 		 402 aa  265  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  42.15 
 
 		 392 aa  265  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  41.1 
 
 		 407 aa  264  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.65 
 
 		 1462 aa  259  9e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  42.19 
 
 		 421 aa  258  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.84 
 
 		 407 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  41.25 
 
 		 410 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  42.34 
 
 		 409 aa  251  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  41.5 
 
 		 409 aa  243  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  39.88 
 
 		 409 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  40.52 
 
 		 410 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  38.32 
 
 		 417 aa  237  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  37.91 
 
 		 451 aa  236  7e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.46 
 
 		 425 aa  233  4.0000000000000004e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.36 
 
 		 421 aa  233  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  41.05 
 
 		 392 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  40.79 
 
 		 392 aa  233  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  40.26 
 
 		 392 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  39.09 
 
 		 424 aa  232  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 		 410 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2717  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.14 
 
 		 393 aa  230  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1276  secretion protein HlyD  35.8 
 
 		 553 aa  225  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.1 
 
 		 424 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0377313 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2877  RND family efflux transporter MFP subunit  37.25 
 
 		 435 aa  210  5e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  33.33 
 
 		 406 aa  209  7e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  37.02 
 
 		 461 aa  206  6e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.54 
 
 		 438 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 		 438 aa  196  6e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.73 
 
 		 438 aa  192  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2692  RND family efflux transporter MFP subunit  35.68 
 
 		 424 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00769313  normal  0.142754 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 		 423 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.23 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 		 376 aa  159  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.84 
 
 		 379 aa  156  9e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4014  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.61 
 
 		 362 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0181773  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.5 
 
 		 380 aa  146  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.56 
 
 		 376 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.56 
 
 		 380 aa  137  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4286  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 361 aa  135  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  29.13 
 
 		 417 aa  126  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.92 
 
 		 1460 aa  120  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 		 377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  33.04 
 
 		 380 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.65 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  31.17 
 
 		 360 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  26.55 
 
 		 449 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.01 
 
 		 388 aa  108  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.69 
 
 		 380 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00182  acriflavine resistance protein a precursor  27.05 
 
 		 381 aa  107  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  27.02 
 
 		 462 aa  107  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 		 462 aa  107  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 442 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 388 aa  106  8e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  28.48 
 
 		 413 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 349 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00231  membrane fusion protein  30.25 
 
 		 356 aa  105  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  29.77 
 
 		 405 aa  103  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 373 aa  103  7e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  29.68 
 
 		 334 aa  103  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  25.94 
 
 		 411 aa  103  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  26.53 
 
 		 458 aa  103  9e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.53 
 
 		 451 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0426406  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  26.19 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  25.94 
 
 		 415 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 		 462 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 462 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  27.38 
 
 		 435 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 365 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  25.94 
 
 		 415 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>