More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0505 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
349 aa  688    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.93 
 
 
354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 
342 aa  248  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  40.06 
 
 
347 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  41.44 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.72 
 
 
337 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  41.84 
 
 
352 aa  229  6e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  41.72 
 
 
337 aa  229  7e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  41.72 
 
 
337 aa  228  8e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 
337 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  38.91 
 
 
340 aa  228  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  40.95 
 
 
337 aa  228  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  42.41 
 
 
337 aa  227  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  40.65 
 
 
361 aa  226  5.0000000000000005e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  40.32 
 
 
337 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  40.32 
 
 
337 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  39.27 
 
 
362 aa  223  4e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 
338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  41.03 
 
 
331 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  38.18 
 
 
346 aa  191  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  33.11 
 
 
353 aa  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  32.29 
 
 
380 aa  179  8e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 
411 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  36.75 
 
 
364 aa  155  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  31.88 
 
 
333 aa  155  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.48 
 
 
358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  31.64 
 
 
352 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 
360 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 
360 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  30.14 
 
 
351 aa  144  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  31.29 
 
 
374 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.95 
 
 
373 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 
478 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  31.58 
 
 
366 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  30.62 
 
 
478 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 
472 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  32.4 
 
 
366 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  27.6 
 
 
406 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.35 
 
 
376 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 
359 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 
455 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 
455 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 
455 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  28.8 
 
 
419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 
371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  29.11 
 
 
451 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 
419 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 
377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.4 
 
 
386 aa  119  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.22 
 
 
397 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.15 
 
 
388 aa  119  9e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.1 
 
 
365 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.44 
 
 
365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.88 
 
 
397 aa  117  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.42 
 
 
361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  27.12 
 
 
398 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  27.83 
 
 
417 aa  115  7.999999999999999e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  32.15 
 
 
364 aa  115  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  30.65 
 
 
407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  32.23 
 
 
367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  27.1 
 
 
467 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.42 
 
 
438 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 
360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0254  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.45 
 
 
417 aa  114  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 
360 aa  113  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 
438 aa  113  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  33.75 
 
 
370 aa  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.65 
 
 
395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 
360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.54 
 
 
438 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 
360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  29.9 
 
 
400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  31.7 
 
 
372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.83 
 
 
360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.19 
 
 
400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 
364 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  28.88 
 
 
414 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3056  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 
395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.23 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 
405 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 
367 aa  110  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 
374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 
377 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  31.32 
 
 
372 aa  110  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 
340 aa  110  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  28.03 
 
 
370 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.1 
 
 
374 aa  109  6e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  25.81 
 
 
432 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  27.52 
 
 
392 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 
348 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1349  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 
409 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0580213 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 
354 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 
354 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 
354 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 
404 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5082  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 
362 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.241341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 
354 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  24.03 
 
 
375 aa  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>