More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0454 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  100 
 
 		 373 aa  754    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39 
 
 		 360 aa  252  8.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39 
 
 		 360 aa  252  8.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.96 
 
 		 377 aa  243  5e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  38.39 
 
 		 366 aa  224  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  38.1 
 
 		 366 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.65 
 
 		 386 aa  179  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.41 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 364 aa  156  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.46 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.99 
 
 		 377 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.27 
 
 		 374 aa  141  1.9999999999999998e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  29.72 
 
 		 376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 379 aa  137  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  29.69 
 
 		 351 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 371 aa  136  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  29.58 
 
 		 359 aa  135  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.07 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.52 
 
 		 386 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 349 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.33 
 
 		 376 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.9 
 
 		 442 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  28.62 
 
 		 334 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 		 388 aa  129  9.000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0878  secretion protein HlyD  29.54 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0949246  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  28.98 
 
 		 331 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 410 aa  123  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0618  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  33.19 
 
 		 268 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.53 
 
 		 407 aa  119  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  27.03 
 
 		 407 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 404 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.25 
 
 		 405 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 380 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  28.44 
 
 		 398 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 337 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.24 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.24 
 
 		 421 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.24 
 
 		 421 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.1 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 380 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 426 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.96 
 
 		 337 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.1 
 
 		 367 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.17 
 
 		 379 aa  113  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 350 aa  113  6e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 337 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 337 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 340 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.5 
 
 		 424 aa  112  9e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  27.02 
 
 		 363 aa  112  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1983  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 416 aa  112  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.74 
 
 		 407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  27.61 
 
 		 404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 432 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  27.51 
 
 		 385 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 409 aa  110  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 400 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  27.51 
 
 		 370 aa  109  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  25.78 
 
 		 421 aa  110  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  29.81 
 
 		 413 aa  109  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  26 
 
 		 451 aa  109  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  27.15 
 
 		 353 aa  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.78 
 
 		 1462 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 404 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.99 
 
 		 397 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 406 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2213  secretion protein HlyD  26.13 
 
 		 407 aa  107  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  25.44 
 
 		 407 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  26.22 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 367 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  26.1 
 
 		 359 aa  106  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  26.67 
 
 		 373 aa  106  6e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  25 
 
 		 400 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3333  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 377 aa  106  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.88 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  27.3 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.13 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  28.21 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.57 
 
 		 363 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 		 390 aa  104  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 354 aa  103  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  26.22 
 
 		 375 aa  104  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  25.82 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  27.81 
 
 		 398 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  24.61 
 
 		 391 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  26.62 
 
 		 362 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>