More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4014 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4014  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 362 aa  741    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0181773  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.31 
 
 		 376 aa  272  7e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.6 
 
 		 379 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4286  RND family efflux transporter MFP subunit  39.89 
 
 		 361 aa  259  3e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.13 
 
 		 380 aa  260  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.27 
 
 		 376 aa  246  4e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.64 
 
 		 380 aa  243  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.01 
 
 		 1460 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  30.13 
 
 		 424 aa  153  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  33.44 
 
 		 478 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  33.44 
 
 		 478 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  33.12 
 
 		 472 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 402 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  31.58 
 
 		 398 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  29.36 
 
 		 467 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  32.61 
 
 		 455 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 451 aa  140  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 		 455 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.17 
 
 		 455 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  30.35 
 
 		 419 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.64 
 
 		 438 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 438 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 		 409 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 392 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 		 366 aa  135  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 392 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1817  secretion protein HlyD  29.81 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00656691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.66 
 
 		 401 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  29.25 
 
 		 400 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  30.23 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.26 
 
 		 438 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  29.65 
 
 		 409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 410 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 410 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  28.61 
 
 		 409 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3361  RND efflux system membrane fusion protein  30 
 
 		 395 aa  133  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 410 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.26 
 
 		 437 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.26 
 
 		 437 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.53 
 
 		 400 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 407 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  27.12 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  31.03 
 
 		 414 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 419 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.81 
 
 		 393 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 425 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  29.03 
 
 		 421 aa  119  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 431 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 391 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 		 461 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1141  RND efflux system membrane fusion protein  28.21 
 
 		 394 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.55527 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  25.4 
 
 		 381 aa  113  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  26.03 
 
 		 392 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  29.41 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2717  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 393 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.55 
 
 		 373 aa  110  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2877  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 		 435 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1276  secretion protein HlyD  28.52 
 
 		 553 aa  106  7e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 423 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 		 1462 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 379 aa  103  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.15 
 
 		 424 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0377313 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 		 421 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5686  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 		 401 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.214167 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 376 aa  99.8  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 390 aa  99  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  26.77 
 
 		 388 aa  98.6  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 368 aa  98.6  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.13 
 
 		 397 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 373 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  26.65 
 
 		 360 aa  97.4  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  23.9 
 
 		 342 aa  97.1  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2692  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 424 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00769313  normal  0.142754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 370 aa  96.3  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  24.37 
 
 		 350 aa  95.5  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  22.19 
 
 		 406 aa  95.9  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.14 
 
 		 353 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.04 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  25.72 
 
 		 417 aa  94.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  25.61 
 
 		 421 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13141  membrane fusion protein  24.22 
 
 		 353 aa  95.1  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 467 aa  94  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  25.87 
 
 		 353 aa  94.4  3e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  24.13 
 
 		 366 aa  94.4  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>