More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1276 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1276  secretion protein HlyD  100 
 
 		 553 aa  1130    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  51.72 
 
 		 406 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  48.63 
 
 		 417 aa  383  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2717  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.68 
 
 		 393 aa  362  1e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.27 
 
 		 425 aa  305  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  35.2 
 
 		 414 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  32.56 
 
 		 392 aa  226  1e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1141  RND efflux system membrane fusion protein  33.96 
 
 		 394 aa  225  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.55527 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  35.54 
 
 		 472 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  35.24 
 
 		 478 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  35.24 
 
 		 478 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  32.76 
 
 		 400 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  33.78 
 
 		 401 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  33.78 
 
 		 401 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.64 
 
 		 400 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  34.77 
 
 		 419 aa  219  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3361  RND efflux system membrane fusion protein  34.01 
 
 		 395 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5686  RND family efflux transporter MFP subunit  34.02 
 
 		 401 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.214167 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  35.8 
 
 		 455 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.44 
 
 		 1462 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  35.5 
 
 		 455 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  33.98 
 
 		 391 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  30.53 
 
 		 419 aa  212  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 		 455 aa  211  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 		 391 aa  209  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  32.95 
 
 		 467 aa  208  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  32.12 
 
 		 381 aa  207  4e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.05 
 
 		 421 aa  204  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  31.61 
 
 		 398 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  31.05 
 
 		 410 aa  203  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1817  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 405 aa  200  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00656691  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  32.22 
 
 		 407 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 402 aa  196  9e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.7 
 
 		 407 aa  195  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 		 437 aa  194  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 		 437 aa  194  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  37.27 
 
 		 409 aa  194  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  34.3 
 
 		 409 aa  193  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  34.41 
 
 		 392 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  34.14 
 
 		 392 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  34.14 
 
 		 392 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  31.49 
 
 		 409 aa  190  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.77 
 
 		 401 aa  190  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  34.14 
 
 		 410 aa  189  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  33.86 
 
 		 410 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  33.33 
 
 		 421 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  31.84 
 
 		 424 aa  184  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.75 
 
 		 393 aa  180  4.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2877  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 		 435 aa  179  9e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  32.35 
 
 		 451 aa  179  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 461 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 438 aa  153  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 438 aa  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  29.7 
 
 		 438 aa  150  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  53.91 
 
 		 625 aa  150  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.45 
 
 		 366 aa  150  7e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.76 
 
 		 424 aa  144  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0377313 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2692  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 424 aa  143  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00769313  normal  0.142754 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.25 
 
 		 376 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  30.86 
 
 		 423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.66 
 
 		 379 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4286  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 		 361 aa  125  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 376 aa  125  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.75 
 
 		 380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.25 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4014  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.52 
 
 		 362 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0181773  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 1460 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  28.52 
 
 		 358 aa  98.6  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  26.58 
 
 		 360 aa  93.6  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  26.93 
 
 		 382 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  23.1 
 
 		 462 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.89 
 
 		 380 aa  90.9  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  28.15 
 
 		 380 aa  90.5  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  26.25 
 
 		 376 aa  90.1  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  24.62 
 
 		 352 aa  89.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  24.51 
 
 		 389 aa  87.8  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  24.74 
 
 		 457 aa  87.8  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  25.2 
 
 		 364 aa  87.4  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  23.85 
 
 		 372 aa  87  8e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25 
 
 		 367 aa  86.7  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 373 aa  86.7  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.9 
 
 		 366 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  26.05 
 
 		 381 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 355 aa  85.9  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  30.63 
 
 		 370 aa  85.5  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  24.05 
 
 		 464 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  30.63 
 
 		 370 aa  85.5  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.4 
 
 		 375 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 394 aa  85.5  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  30.18 
 
 		 370 aa  84.3  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 405 aa  84.3  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.72 
 
 		 361 aa  84  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.17 
 
 		 455 aa  84  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 354 aa  83.6  0.000000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.25 
 
 		 415 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.92 
 
 		 373 aa  83.2  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  23.25 
 
 		 415 aa  83.6  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  24.4 
 
 		 417 aa  83.2  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  23.25 
 
 		 415 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  23.65 
 
 		 381 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>