More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4897 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  83.85 
 
 		 421 aa  635    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 437 aa  876    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 437 aa  876    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  55.95 
 
 		 410 aa  413  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  53.39 
 
 		 407 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.7 
 
 		 407 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  55.58 
 
 		 409 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  56.22 
 
 		 410 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  56.3 
 
 		 409 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  56.22 
 
 		 392 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  53.07 
 
 		 409 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  56.22 
 
 		 392 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  55.78 
 
 		 410 aa  382  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  56.22 
 
 		 392 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  49.49 
 
 		 424 aa  348  1e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  43.96 
 
 		 467 aa  299  6e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.67 
 
 		 401 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  42.9 
 
 		 381 aa  294  2e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  44.97 
 
 		 391 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  44.97 
 
 		 391 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  40.93 
 
 		 419 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  43.99 
 
 		 455 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.39 
 
 		 455 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  43.72 
 
 		 455 aa  269  8e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  43.6 
 
 		 478 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  43.6 
 
 		 478 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  43.6 
 
 		 472 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  43.63 
 
 		 419 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  39.06 
 
 		 401 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  39.06 
 
 		 401 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  39.03 
 
 		 402 aa  256  8e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.86 
 
 		 400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5686  RND family efflux transporter MFP subunit  38.38 
 
 		 401 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.214167 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1817  secretion protein HlyD  41.46 
 
 		 405 aa  253  7e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00656691  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  38.81 
 
 		 398 aa  252  9.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  37.11 
 
 		 400 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1141  RND efflux system membrane fusion protein  41.76 
 
 		 394 aa  243  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.55527 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  36.79 
 
 		 392 aa  242  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3361  RND efflux system membrane fusion protein  40 
 
 		 395 aa  240  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.23 
 
 		 393 aa  236  6e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  36.27 
 
 		 414 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  33.66 
 
 		 451 aa  226  5.0000000000000005e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.97 
 
 		 366 aa  225  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.97 
 
 		 1462 aa  225  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.84 
 
 		 425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  35.63 
 
 		 417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.52 
 
 		 421 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1276  secretion protein HlyD  33.7 
 
 		 553 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  29.77 
 
 		 406 aa  192  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.78 
 
 		 424 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0377313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2717  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.85 
 
 		 393 aa  188  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  34.78 
 
 		 461 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2877  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 435 aa  179  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 438 aa  177  5e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 438 aa  176  8e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 438 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  34.72 
 
 		 423 aa  169  9e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2692  RND family efflux transporter MFP subunit  33.95 
 
 		 424 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00769313  normal  0.142754 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.52 
 
 		 376 aa  139  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.94 
 
 		 379 aa  136  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4014  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.47 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0181773  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.5 
 
 		 376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.21 
 
 		 380 aa  131  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4286  RND family efflux transporter MFP subunit  26.51 
 
 		 361 aa  131  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 380 aa  119  9e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  28.14 
 
 		 357 aa  119  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 1460 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 431 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  26.4 
 
 		 417 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  30.19 
 
 		 429 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  31 
 
 		 399 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  31.42 
 
 		 399 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 		 392 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 405 aa  110  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.98 
 
 		 393 aa  110  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  29.66 
 
 		 405 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  30.23 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  30.23 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  30.23 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 		 364 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.71 
 
 		 442 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  28.29 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  30.23 
 
 		 409 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 		 388 aa  108  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 408 aa  108  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  28.98 
 
 		 413 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  26.83 
 
 		 404 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.62 
 
 		 362 aa  107  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  28.95 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  29.75 
 
 		 379 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  29.97 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 352 aa  107  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  23.76 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.69 
 
 		 424 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  26.99 
 
 		 413 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>