More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0583 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  100 
 
 
334 aa  671    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  43.91 
 
 
342 aa  276  4e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  44.51 
 
 
337 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  43.9 
 
 
340 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.82 
 
 
337 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  44.82 
 
 
337 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  44.82 
 
 
337 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  47.14 
 
 
347 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  44.51 
 
 
337 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  43.29 
 
 
337 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  43.29 
 
 
337 aa  266  5e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  44.75 
 
 
338 aa  263  4e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  42.99 
 
 
337 aa  263  4e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  45.43 
 
 
362 aa  258  9e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  47.06 
 
 
331 aa  252  7e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.44 
 
 
349 aa  248  9e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  39.52 
 
 
353 aa  210  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  40.23 
 
 
361 aa  210  3e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  39.67 
 
 
380 aa  209  6e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.55 
 
 
354 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  35.84 
 
 
352 aa  180  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  37.2 
 
 
364 aa  172  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  38.62 
 
 
346 aa  160  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 
352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 
442 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  28.62 
 
 
373 aa  132  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 
411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 
374 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.55 
 
 
360 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  32.44 
 
 
359 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.48 
 
 
374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.75 
 
 
388 aa  119  6e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 
472 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.63 
 
 
358 aa  116  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 
360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 
360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  31.79 
 
 
478 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 
478 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.43 
 
 
365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  29.9 
 
 
351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  28.57 
 
 
379 aa  110  3e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  30.54 
 
 
419 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.52 
 
 
377 aa  109  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  32.99 
 
 
333 aa  108  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.85 
 
 
377 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 
345 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 
386 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  37.36 
 
 
390 aa  108  1e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.23 
 
 
381 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 
376 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.29 
 
 
1462 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.22 
 
 
383 aa  107  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  33.19 
 
 
370 aa  106  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.53 
 
 
455 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  31.39 
 
 
375 aa  106  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 
376 aa  106  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  28.7 
 
 
407 aa  106  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.55 
 
 
386 aa  105  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  26.53 
 
 
381 aa  105  8e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 
353 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  29.68 
 
 
455 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  27.69 
 
 
451 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  30.82 
 
 
379 aa  104  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.84 
 
 
365 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 
455 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.13 
 
 
462 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.13 
 
 
462 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  29.68 
 
 
364 aa  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  28.81 
 
 
523 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 
377 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  27.36 
 
 
360 aa  100  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.22 
 
 
419 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.09 
 
 
352 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 
371 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  31.43 
 
 
370 aa  100  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.36 
 
 
384 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  29.26 
 
 
400 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3304  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.02 
 
 
414 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  29.96 
 
 
387 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  30.3 
 
 
421 aa  98.2  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 
429 aa  97.8  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.96 
 
 
383 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.62 
 
 
356 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  30.1 
 
 
367 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 
366 aa  97.8  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 
393 aa  97.4  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 
378 aa  97.1  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.3 
 
 
388 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 
419 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 
359 aa  96.3  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  29.93 
 
 
427 aa  95.9  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 
376 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.48 
 
 
392 aa  95.5  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  27.74 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.9 
 
 
356 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  29.69 
 
 
370 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  27.74 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  26.91 
 
 
366 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 
361 aa  95.5  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  30.07 
 
 
369 aa  94.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>