More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2621 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  100 
 
 		 367 aa  716    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  53.75 
 
 		 413 aa  326  3e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  53.94 
 
 		 375 aa  319  5e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.75 
 
 		 357 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  45.72 
 
 		 351 aa  268  8.999999999999999e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  43.79 
 
 		 383 aa  259  6e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  44.18 
 
 		 392 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  46.53 
 
 		 362 aa  245  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  43.5 
 
 		 391 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  42.53 
 
 		 378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  40.65 
 
 		 377 aa  243  3.9999999999999997e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  44.34 
 
 		 394 aa  238  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  44.44 
 
 		 390 aa  232  6e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.2 
 
 		 390 aa  231  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  44.14 
 
 		 396 aa  229  5e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.04 
 
 		 371 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.18 
 
 		 379 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.18 
 
 		 379 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.15 
 
 		 410 aa  219  7.999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  43.67 
 
 		 1405 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  40.58 
 
 		 363 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  31.53 
 
 		 440 aa  157  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  33.23 
 
 		 386 aa  147  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  32.34 
 
 		 427 aa  138  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  33.61 
 
 		 391 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  31.06 
 
 		 395 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  31.02 
 
 		 442 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  32.38 
 
 		 358 aa  132  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.45 
 
 		 396 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  32.66 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.45 
 
 		 396 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  34.36 
 
 		 347 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.5 
 
 		 413 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  30.42 
 
 		 378 aa  119  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.78 
 
 		 413 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 427 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  32.72 
 
 		 409 aa  113  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  31.53 
 
 		 385 aa  113  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 		 408 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 426 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.16 
 
 		 402 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.53 
 
 		 396 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.16 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 396 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.13 
 
 		 414 aa  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 609 aa  107  4e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 397 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 		 349 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  28.38 
 
 		 409 aa  99.8  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 390 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  31.19 
 
 		 380 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  31.16 
 
 		 404 aa  97.8  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  31.27 
 
 		 386 aa  97.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.05 
 
 		 380 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.65 
 
 		 388 aa  94.7  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.03 
 
 		 425 aa  94  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.01 
 
 		 442 aa  93.6  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  27.14 
 
 		 419 aa  92.8  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  27.55 
 
 		 366 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  28.74 
 
 		 389 aa  90.9  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 		 376 aa  90.1  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.18 
 
 		 356 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 		 455 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  25.89 
 
 		 478 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  24.46 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 		 478 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.14 
 
 		 367 aa  87.4  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  25.6 
 
 		 472 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.38 
 
 		 380 aa  86.7  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 389 aa  86.3  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 350 aa  85.9  9e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2692  RND family efflux transporter MFP subunit  28.03 
 
 		 424 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00769313  normal  0.142754 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  23.96 
 
 		 373 aa  85.5  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  24.84 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 353 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  27.52 
 
 		 370 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  24.12 
 
 		 373 aa  84.3  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  24.27 
 
 		 358 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.27 
 
 		 358 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.03 
 
 		 356 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1988  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 362 aa  83.2  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.01 
 
 		 383 aa  83.2  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.18 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.34 
 
 		 405 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  24.18 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.33 
 
 		 377 aa  82.8  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  25.72 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  26.32 
 
 		 354 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.32 
 
 		 368 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  24.51 
 
 		 357 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 455 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.08 
 
 		 360 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.18 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 455 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 424 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.25 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  22.47 
 
 		 355 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>