More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2374 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 395 aa  772    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.28 
 
 		 396 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.86 
 
 		 396 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  50.29 
 
 		 378 aa  350  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  42.55 
 
 		 397 aa  272  7e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  42.42 
 
 		 386 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  42.42 
 
 		 390 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  37.85 
 
 		 391 aa  215  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 427 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 413 aa  195  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  35.53 
 
 		 413 aa  193  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  35.31 
 
 		 426 aa  192  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.26 
 
 		 413 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.57 
 
 		 396 aa  189  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.57 
 
 		 396 aa  189  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  37.89 
 
 		 402 aa  186  4e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 389 aa  185  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 		 385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 402 aa  184  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  34.87 
 
 		 408 aa  182  6e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.75 
 
 		 414 aa  177  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  36.9 
 
 		 409 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  32.7 
 
 		 383 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  32.39 
 
 		 391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 		 390 aa  137  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  29.71 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.64 
 
 		 390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 392 aa  129  8.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 394 aa  126  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  31.85 
 
 		 362 aa  121  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  29.78 
 
 		 367 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  39.58 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  29.79 
 
 		 389 aa  119  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  30.92 
 
 		 440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  30.48 
 
 		 404 aa  117  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  40.32 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  29.31 
 
 		 386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 		 396 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.96 
 
 		 387 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  30.17 
 
 		 390 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  28.24 
 
 		 347 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  37.57 
 
 		 312 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.23 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  33.84 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  30.56 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  37.7 
 
 		 296 aa  109  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 		 393 aa  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 358 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.48 
 
 		 386 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 379 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 379 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 357 aa  106  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  28.76 
 
 		 451 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  25.52 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  32.3 
 
 		 609 aa  104  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  31.15 
 
 		 427 aa  103  5e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 379 aa  103  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 		 377 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  31.52 
 
 		 1405 aa  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  28.86 
 
 		 405 aa  103  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  28.37 
 
 		 375 aa  103  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  27.06 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  27.06 
 
 		 372 aa  102  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  25.86 
 
 		 358 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.86 
 
 		 358 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.44 
 
 		 478 aa  101  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 		 397 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.93 
 
 		 367 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  27.34 
 
 		 382 aa  100  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  28.37 
 
 		 400 aa  100  6e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  25.52 
 
 		 376 aa  99.8  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 		 371 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.07 
 
 		 297 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 405 aa  99.4  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  27.17 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  24.23 
 
 		 367 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.36 
 
 		 306 aa  98.2  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  35.48 
 
 		 306 aa  97.1  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.55 
 
 		 453 aa  97.1  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 407 aa  97.1  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  29.04 
 
 		 407 aa  97.1  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 		 366 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.3 
 
 		 366 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 421 aa  96.3  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.48 
 
 		 426 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 404 aa  95.1  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.88 
 
 		 379 aa  94.7  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  32.29 
 
 		 306 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.81 
 
 		 438 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.12 
 
 		 421 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 354 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 		 383 aa  94  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  36.46 
 
 		 306 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>