More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3463 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 378 aa  740    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.12 
 
 		 396 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.14 
 
 		 396 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  50.29 
 
 		 395 aa  350  2e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  43.17 
 
 		 397 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  40.91 
 
 		 386 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  40.91 
 
 		 390 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  41.26 
 
 		 391 aa  229  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  36.89 
 
 		 427 aa  206  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  37.37 
 
 		 426 aa  202  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  36.99 
 
 		 385 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  36.99 
 
 		 408 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.08 
 
 		 414 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.92 
 
 		 402 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  37.64 
 
 		 402 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 396 aa  195  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 396 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  35.98 
 
 		 413 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.99 
 
 		 413 aa  186  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.04 
 
 		 413 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 389 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  36.34 
 
 		 409 aa  171  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  33.7 
 
 		 383 aa  145  9e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  32.6 
 
 		 358 aa  140  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  31.93 
 
 		 391 aa  139  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  31.94 
 
 		 404 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 392 aa  126  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  38.19 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  37.3 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  38.92 
 
 		 300 aa  123  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  37.16 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 394 aa  117  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 		 362 aa  116  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.64 
 
 		 377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.41 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  30.6 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  29.97 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  26.95 
 
 		 367 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  29.52 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.34 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.34 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.65 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 413 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.15 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  32.81 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  27.14 
 
 		 440 aa  106  6e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 393 aa  106  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 		 609 aa  104  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 		 387 aa  103  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.18 
 
 		 410 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.46 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  31.13 
 
 		 390 aa  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  31.55 
 
 		 363 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 376 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  26.34 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  31.96 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  34.24 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.35 
 
 		 388 aa  101  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  26.45 
 
 		 380 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  29.75 
 
 		 378 aa  100  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.67 
 
 		 357 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.84 
 
 		 462 aa  99  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 397 aa  97.8  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.15 
 
 		 351 aa  97.1  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  32.44 
 
 		 322 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  26.49 
 
 		 347 aa  95.5  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.45 
 
 		 380 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 385 aa  95.5  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  29.85 
 
 		 1405 aa  95.1  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0098  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.07 
 
 		 432 aa  95.5  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  26.76 
 
 		 377 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 		 379 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  28.32 
 
 		 357 aa  94  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 389 aa  93.6  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  25.38 
 
 		 421 aa  92.8  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 		 426 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 		 386 aa  91.3  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.07 
 
 		 407 aa  91.3  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  31.03 
 
 		 306 aa  90.1  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 		 423 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 380 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  26.33 
 
 		 372 aa  88.6  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  25.61 
 
 		 407 aa  89  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  31.35 
 
 		 317 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.56 
 
 		 400 aa  89  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 379 aa  89  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 374 aa  89  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  26.33 
 
 		 372 aa  88.2  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.12 
 
 		 453 aa  88.2  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  33.7 
 
 		 295 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1044  nodulation protein NolF  28.29 
 
 		 395 aa  87.4  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.991845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.88 
 
 		 386 aa  87  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  32.04 
 
 		 295 aa  87.4  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  26.27 
 
 		 351 aa  86.3  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  27.27 
 
 		 427 aa  86.7  7e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>