More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5160 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  100 
 
 		 295 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  77.52 
 
 		 317 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  75.49 
 
 		 322 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  64.39 
 
 		 295 aa  350  1e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  65.92 
 
 		 306 aa  348  5e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  59.06 
 
 		 308 aa  332  3e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  63.92 
 
 		 306 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  41.83 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  38.98 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.24 
 
 		 351 aa  163  3e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.08 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  38.98 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  35.88 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  38.67 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.09 
 
 		 297 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  35.98 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  34.52 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.47 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  32.51 
 
 		 306 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  36.05 
 
 		 312 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  38.25 
 
 		 427 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  39.25 
 
 		 408 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.04 
 
 		 414 aa  123  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  38.71 
 
 		 385 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.07 
 
 		 413 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  37.16 
 
 		 402 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.16 
 
 		 402 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.07 
 
 		 413 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 413 aa  116  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.1 
 
 		 396 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.1 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 409 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  32.8 
 
 		 391 aa  96.7  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 396 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 		 396 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  33.7 
 
 		 378 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  31.15 
 
 		 395 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  35.14 
 
 		 426 aa  85.5  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 358 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  34.04 
 
 		 393 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 390 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  34.39 
 
 		 386 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  33.68 
 
 		 404 aa  76.3  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 397 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 394 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  33.9 
 
 		 363 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  36.99 
 
 		 538 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.42 
 
 		 537 aa  70.5  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  31.15 
 
 		 391 aa  70.9  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  37.57 
 
 		 537 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  38.1 
 
 		 347 aa  69.7  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  31.15 
 
 		 389 aa  69.7  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 386 aa  68.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  31.61 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  33.16 
 
 		 609 aa  65.9  0.0000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  35.43 
 
 		 546 aa  65.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  27.96 
 
 		 392 aa  63.9  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  28.42 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  31.11 
 
 		 378 aa  63.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 390 aa  62.8  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  29.06 
 
 		 392 aa  62.4  0.000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  26.56 
 
 		 351 aa  62  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 377 aa  60.8  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.43 
 
 		 504 aa  60.8  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  28.02 
 
 		 405 aa  60.1  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.96 
 
 		 497 aa  58.9  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  27.57 
 
 		 362 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  28.04 
 
 		 358 aa  58.5  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  32.57 
 
 		 473 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.96 
 
 		 509 aa  58.5  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  30.21 
 
 		 402 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.33 
 
 		 350 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  27.47 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  28.88 
 
 		 396 aa  58.2  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.94 
 
 		 367 aa  56.2  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  27.72 
 
 		 371 aa  56.2  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  34.3 
 
 		 477 aa  55.8  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.46 
 
 		 388 aa  55.8  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  30.06 
 
 		 399 aa  55.8  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 		 350 aa  55.5  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.51 
 
 		 410 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 525 aa  55.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  27.52 
 
 		 322 aa  55.1  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  28.49 
 
 		 371 aa  54.7  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  28.14 
 
 		 529 aa  53.9  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  30.71 
 
 		 386 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  26.63 
 
 		 367 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.45 
 
 		 357 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.44 
 
 		 353 aa  53.5  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 374 aa  53.5  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 369 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 374 aa  53.5  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 473 aa  53.5  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 413 aa  53.1  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 472 aa  53.1  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 360 aa  53.1  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1573  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 399 aa  53.1  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>