More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1328 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 297 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  86.45 
 
 		 302 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  40.69 
 
 		 312 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  42.75 
 
 		 301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  42.08 
 
 		 300 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  40.46 
 
 		 296 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.23 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  40.82 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.91 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  40.89 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  38.75 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  39.29 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  35.1 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  32.65 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  32.63 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  42.62 
 
 		 427 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  35.8 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  43.01 
 
 		 408 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  41.94 
 
 		 385 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  34.63 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  39.7 
 
 		 409 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.24 
 
 		 396 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  32.68 
 
 		 322 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.24 
 
 		 396 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.54 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.76 
 
 		 413 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  39.5 
 
 		 386 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 390 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  39.34 
 
 		 391 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  38.5 
 
 		 413 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.5 
 
 		 413 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  34.73 
 
 		 293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  38.25 
 
 		 402 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  37.91 
 
 		 397 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.25 
 
 		 402 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 		 426 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.88 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  33.15 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.88 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  32.07 
 
 		 395 aa  99.8  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 389 aa  97.4  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 392 aa  95.9  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  33.89 
 
 		 383 aa  87.8  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  26.18 
 
 		 347 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  31.53 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 609 aa  77.8  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.84 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  31.28 
 
 		 390 aa  76.3  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  33.16 
 
 		 404 aa  75.9  0.0000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  31.13 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  32.98 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0121  RND family efflux transporter MFP subunit  24.9 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000605752  hitchhiker  0.000000000000341036 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  30.59 
 
 		 382 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.73 
 
 		 410 aa  72.8  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  31.79 
 
 		 385 aa  72  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  32.11 
 
 		 358 aa  71.2  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  31.18 
 
 		 393 aa  68.9  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  30.73 
 
 		 394 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.02 
 
 		 366 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.95 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  31.02 
 
 		 366 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  35.82 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  27.49 
 
 		 351 aa  66.6  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.91 
 
 		 367 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  30.37 
 
 		 391 aa  65.9  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  28.73 
 
 		 386 aa  64.7  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  31.36 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  31.36 
 
 		 369 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  31.36 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  30.17 
 
 		 442 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 362 aa  63.9  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 		 440 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.44 
 
 		 367 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 354 aa  62.8  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  29.47 
 
 		 440 aa  62.4  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  30.95 
 
 		 396 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  31.28 
 
 		 399 aa  61.6  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.29 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  31.02 
 
 		 366 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  29.38 
 
 		 363 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.96 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.21 
 
 		 580 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.76 
 
 		 361 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  28.82 
 
 		 1405 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  29.28 
 
 		 405 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  28.34 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  29.89 
 
 		 333 aa  57.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  26.14 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>