More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0886 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  100 
 
 		 306 aa  594  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  65.44 
 
 		 306 aa  375  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  66.67 
 
 		 295 aa  376  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  61.69 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  65.83 
 
 		 317 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  69.14 
 
 		 322 aa  359  4e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  60.69 
 
 		 295 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  40.72 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  42.63 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.06 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  40.15 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.37 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  39.78 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.8 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.8 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  37.6 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  36.74 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  43.85 
 
 		 408 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  43.09 
 
 		 385 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  43.28 
 
 		 413 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  35 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.28 
 
 		 413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.09 
 
 		 396 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  39.02 
 
 		 312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  41.44 
 
 		 427 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.94 
 
 		 413 aa  132  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.09 
 
 		 396 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  42.78 
 
 		 409 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.7 
 
 		 414 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  34.58 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  42.86 
 
 		 402 aa  126  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.86 
 
 		 402 aa  125  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  40.66 
 
 		 426 aa  105  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 395 aa  94.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 389 aa  95.1  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35 
 
 		 396 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  32.82 
 
 		 391 aa  93.2  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.44 
 
 		 396 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 390 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  36.41 
 
 		 391 aa  87.8  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  35.16 
 
 		 358 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  35.52 
 
 		 386 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 397 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  30.39 
 
 		 378 aa  80.5  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 392 aa  77  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  30.39 
 
 		 394 aa  76.3  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  37.89 
 
 		 347 aa  73.9  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 393 aa  73.2  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  33.88 
 
 		 383 aa  72.8  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  35 
 
 		 363 aa  72.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  30.41 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  35.96 
 
 		 366 aa  69.7  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 		 386 aa  69.3  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  27.75 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  32.98 
 
 		 404 aa  68.6  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.29 
 
 		 357 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.77 
 
 		 367 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  33.15 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  28.8 
 
 		 405 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  30.41 
 
 		 389 aa  66.2  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  30.11 
 
 		 350 aa  65.9  0.0000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 		 396 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.22 
 
 		 390 aa  62.8  0.000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  29.83 
 
 		 378 aa  62.4  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 		 379 aa  62.4  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 609 aa  62.4  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 410 aa  61.6  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.28 
 
 		 376 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.71 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 		 386 aa  60.8  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  28.64 
 
 		 358 aa  60.1  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 353 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  32.73 
 
 		 367 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  28.73 
 
 		 390 aa  59.3  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  30.34 
 
 		 467 aa  58.9  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  30.54 
 
 		 382 aa  58.9  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  28.1 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  29.63 
 
 		 421 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  27.17 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  29.65 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  31.88 
 
 		 505 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.65 
 
 		 379 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.65 
 
 		 379 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 		 360 aa  57  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3749  RND family efflux transporter MFP subunit  30.6 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.63 
 
 		 387 aa  56.6  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  30.21 
 
 		 491 aa  56.2  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.05 
 
 		 349 aa  55.8  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  29.1 
 
 		 322 aa  55.8  0.0000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  34.21 
 
 		 399 aa  55.8  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.72 
 
 		 497 aa  55.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  30.22 
 
 		 402 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  31.18 
 
 		 390 aa  55.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0905036  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>