More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3611 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  100 
 
 		 295 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  81.97 
 
 		 306 aa  474  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  71.81 
 
 		 306 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  66.91 
 
 		 308 aa  360  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  63.23 
 
 		 317 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  64.39 
 
 		 295 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  67.56 
 
 		 322 aa  348  6e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  45.42 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  46.64 
 
 		 300 aa  192  8e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.3 
 
 		 351 aa  181  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.69 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.55 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  39.77 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  38.01 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  40.07 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  39.18 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  37.88 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.01 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  36.97 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  37.37 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  45.45 
 
 		 385 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  45.45 
 
 		 408 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.19 
 
 		 414 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  44.2 
 
 		 413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.7 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.2 
 
 		 413 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.2 
 
 		 413 aa  133  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.7 
 
 		 396 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  43.09 
 
 		 427 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.33 
 
 		 402 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  42.33 
 
 		 402 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  40.98 
 
 		 409 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  38.46 
 
 		 426 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  35 
 
 		 391 aa  99.4  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.88 
 
 		 396 aa  97.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.97 
 
 		 396 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  32.22 
 
 		 395 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 389 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  31.06 
 
 		 358 aa  90.5  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  36.17 
 
 		 390 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  32.04 
 
 		 378 aa  87.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  34.69 
 
 		 397 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  36.17 
 
 		 386 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  34.43 
 
 		 391 aa  81.6  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  33.89 
 
 		 394 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  32.64 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 		 386 aa  80.5  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  35.83 
 
 		 363 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  30.93 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 350 aa  73.9  0.000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  28.95 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  31.28 
 
 		 392 aa  73.6  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.98 
 
 		 390 aa  73.2  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  31.28 
 
 		 540 aa  71.2  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  38.89 
 
 		 347 aa  70.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  31.28 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  34.05 
 
 		 404 aa  69.7  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 390 aa  69.7  0.00000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  29.07 
 
 		 366 aa  68.9  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  32.79 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.82 
 
 		 357 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 		 385 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 		 384 aa  65.5  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  35.14 
 
 		 343 aa  65.1  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  28.02 
 
 		 405 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 396 aa  63.5  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  29.85 
 
 		 382 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 405 aa  63.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 378 aa  63.2  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  27.32 
 
 		 371 aa  62.8  0.000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  27.73 
 
 		 322 aa  62.4  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  31.77 
 
 		 376 aa  62.4  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 		 353 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  34.81 
 
 		 401 aa  61.6  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  27.73 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0293  secretion protein HlyD  29.53 
 
 		 514 aa  61.6  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.287992  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.51 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.11 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 609 aa  61.6  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  31.32 
 
 		 402 aa  61.2  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  33.16 
 
 		 546 aa  60.5  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  27.71 
 
 		 369 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 683 aa  60.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 369 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 361 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 365 aa  60.1  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  27.88 
 
 		 396 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3749  RND family efflux transporter MFP subunit  29.73 
 
 		 340 aa  60.1  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.28 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>