More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2338 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  93.89 
 
 		 360 aa  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 360 aa  719    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 360 aa  719    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  98.61 
 
 		 360 aa  710    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  87.78 
 
 		 360 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  87.78 
 
 		 360 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  87.78 
 
 		 360 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  87.5 
 
 		 360 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  86.25 
 
 		 361 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  68.09 
 
 		 361 aa  487  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  67.68 
 
 		 361 aa  476  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  65.18 
 
 		 385 aa  474  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  67.41 
 
 		 360 aa  477  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  66.02 
 
 		 361 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  66.19 
 
 		 360 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  65.81 
 
 		 361 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.23 
 
 		 355 aa  293  4e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  43.24 
 
 		 349 aa  256  6e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  39.64 
 
 		 354 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  41.42 
 
 		 392 aa  237  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  39.38 
 
 		 353 aa  229  6e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  39.8 
 
 		 376 aa  224  3e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  41.44 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.83 
 
 		 368 aa  219  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  39.86 
 
 		 375 aa  218  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.44 
 
 		 371 aa  210  3e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 374 aa  206  4e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  35.78 
 
 		 369 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  35.78 
 
 		 369 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.78 
 
 		 369 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  35.67 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  38.28 
 
 		 371 aa  192  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  35.41 
 
 		 390 aa  182  8.000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  37.72 
 
 		 354 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 364 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 372 aa  182  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  34.88 
 
 		 369 aa  179  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 		 366 aa  176  5e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  34.59 
 
 		 370 aa  176  6e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  34.4 
 
 		 352 aa  176  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 370 aa  176  8e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 373 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  32.89 
 
 		 417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  33.43 
 
 		 376 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 382 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  33.05 
 
 		 406 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  32.74 
 
 		 360 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  34.8 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  32.67 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 		 381 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  33.55 
 
 		 369 aa  169  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  32.46 
 
 		 359 aa  169  8e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  32.03 
 
 		 375 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.9 
 
 		 388 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  33.22 
 
 		 375 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  33.45 
 
 		 350 aa  159  9e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.33 
 
 		 363 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.09 
 
 		 362 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.33 
 
 		 363 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 418 aa  155  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  32.68 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  30.33 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  32.68 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  34.03 
 
 		 371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  32.36 
 
 		 370 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000256097  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  28.9 
 
 		 380 aa  150  3e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  29.48 
 
 		 366 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 		 366 aa  149  7e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 376 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  30.59 
 
 		 371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  30.66 
 
 		 376 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  30.12 
 
 		 351 aa  148  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  30.24 
 
 		 415 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 		 351 aa  146  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  29.7 
 
 		 394 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  31.42 
 
 		 328 aa  146  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  32.25 
 
 		 467 aa  146  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.83 
 
 		 380 aa  145  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.21 
 
 		 387 aa  144  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.88 
 
 		 362 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.83 
 
 		 351 aa  143  5e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 		 373 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 372 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.67 
 
 		 390 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  29.4 
 
 		 382 aa  139  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 		 375 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  31.92 
 
 		 370 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 		 405 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 376 aa  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>