More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4685 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  100 
 
 		 312 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  67.71 
 
 		 307 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  65.52 
 
 		 300 aa  344  1e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  65.34 
 
 		 301 aa  335  3.9999999999999995e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  63.73 
 
 		 306 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  66.04 
 
 		 298 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  65.37 
 
 		 296 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.86 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.94 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  40.29 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  36.97 
 
 		 295 aa  159  8e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  36.18 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  39.05 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  38.55 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.14 
 
 		 351 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  37.24 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.7 
 
 		 396 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  39.13 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.7 
 
 		 396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  36.43 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  37.7 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  37.5 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  38.19 
 
 		 378 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  42.25 
 
 		 427 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  44.15 
 
 		 402 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.15 
 
 		 402 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 		 396 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 		 396 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  41.71 
 
 		 385 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.23 
 
 		 414 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.01 
 
 		 413 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 408 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  37.57 
 
 		 395 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  42.7 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  41.85 
 
 		 409 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 389 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.62 
 
 		 413 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  40.64 
 
 		 426 aa  115  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  37.84 
 
 		 391 aa  112  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  38.69 
 
 		 390 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  37.69 
 
 		 386 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  37.23 
 
 		 397 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 390 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  30.05 
 
 		 392 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  35.42 
 
 		 383 aa  79  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 394 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 385 aa  75.1  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.37 
 
 		 410 aa  72.4  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  33.16 
 
 		 363 aa  72.8  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 366 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  34.88 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  31.31 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.99 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  32.29 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  29.49 
 
 		 382 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  30.65 
 
 		 378 aa  64.7  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.22 
 
 		 371 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  31.61 
 
 		 347 aa  64.7  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  27.23 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.23 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 366 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  30.37 
 
 		 391 aa  63.2  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.69 
 
 		 379 aa  62.8  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 366 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 386 aa  62.4  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  30.29 
 
 		 322 aa  62.4  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 442 aa  62  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.21 
 
 		 414 aa  62.4  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 		 396 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2036  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 346 aa  62  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0261077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1700  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 346 aa  62  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.59 
 
 		 376 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  29.59 
 
 		 404 aa  61.6  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  31.03 
 
 		 1405 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  30.45 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 440 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  31.12 
 
 		 609 aa  60.8  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  29.47 
 
 		 370 aa  59.3  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  27.88 
 
 		 354 aa  58.9  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  27.37 
 
 		 385 aa  58.9  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 405 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  28.21 
 
 		 377 aa  58.2  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  29.27 
 
 		 451 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 354 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  30.67 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.98 
 
 		 365 aa  57  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 362 aa  56.6  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 358 aa  56.6  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  25 
 
 		 366 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.19 
 
 		 376 aa  56.6  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.88 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>