More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1007 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  100 
 
 		 317 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  80.12 
 
 		 322 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  77.52 
 
 		 295 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  64.54 
 
 		 306 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  62.28 
 
 		 308 aa  358  8e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  63.23 
 
 		 295 aa  356  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  68.63 
 
 		 306 aa  355  5e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  42.63 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  40.86 
 
 		 300 aa  170  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.81 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.55 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  39.92 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  39.76 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  35.74 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  39.06 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.71 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  36.33 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  40.64 
 
 		 408 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  40.64 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  33.58 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  38.8 
 
 		 427 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  37.7 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.76 
 
 		 414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.7 
 
 		 413 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 		 409 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.16 
 
 		 413 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 		 413 aa  116  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.97 
 
 		 396 aa  116  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.17 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  35.87 
 
 		 402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.87 
 
 		 402 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  31.35 
 
 		 378 aa  89  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  30.65 
 
 		 391 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  34.22 
 
 		 426 aa  86.7  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  31.38 
 
 		 395 aa  86.7  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 		 396 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.07 
 
 		 396 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  34.03 
 
 		 358 aa  82.8  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  30.6 
 
 		 391 aa  72  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  31.18 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  30.27 
 
 		 390 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 347 aa  71.2  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  30.07 
 
 		 394 aa  70.1  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  30.11 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  32.11 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 		 393 aa  68.6  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 609 aa  68.2  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 405 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  29.21 
 
 		 405 aa  66.6  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  28.11 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  27.16 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 396 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  32.3 
 
 		 382 aa  64.3  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  30 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  33.33 
 
 		 366 aa  63.2  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.07 
 
 		 497 aa  62.4  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 357 aa  62.4  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  30 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 		 374 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  27.41 
 
 		 389 aa  61.2  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 		 374 aa  61.2  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  31.49 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.4 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 		 390 aa  60.5  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.49 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  28.74 
 
 		 322 aa  59.3  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 		 390 aa  59.3  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.13 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.54 
 
 		 373 aa  58.5  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 386 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.8 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  26.25 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.29 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.29 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  27.22 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 509 aa  56.2  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  31.98 
 
 		 537 aa  56.2  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 384 aa  55.8  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 369 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 367 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 		 357 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  28.96 
 
 		 402 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 		 537 aa  55.8  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  27.93 
 
 		 383 aa  55.5  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  28.79 
 
 		 358 aa  55.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 525 aa  55.8  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 		 505 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  32 
 
 		 473 aa  54.3  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  27.5 
 
 		 491 aa  54.3  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 		 509 aa  54.7  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  24.71 
 
 		 369 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.04 
 
 		 350 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 347 aa  54.7  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  24.71 
 
 		 369 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>