More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3208 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 357 aa  704    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.1 
 
 		 362 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  40.06 
 
 		 371 aa  271  9e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  37.99 
 
 		 352 aa  259  4e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  38.14 
 
 		 357 aa  259  6e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.32 
 
 		 362 aa  257  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.16 
 
 		 390 aa  255  7e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.8 
 
 		 351 aa  242  7e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.32 
 
 		 367 aa  231  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.86 
 
 		 353 aa  203  3e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  33.33 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 374 aa  170  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.92 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  29.75 
 
 		 349 aa  162  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.72 
 
 		 380 aa  157  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.48 
 
 		 360 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.48 
 
 		 360 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.42 
 
 		 388 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  30.28 
 
 		 361 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  31.01 
 
 		 406 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  30.74 
 
 		 354 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  31.01 
 
 		 382 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 365 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  28.05 
 
 		 365 aa  149  8e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 382 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 394 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  31.11 
 
 		 361 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 373 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.58 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.93 
 
 		 370 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  31.21 
 
 		 467 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  28.85 
 
 		 360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  28.33 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  32.34 
 
 		 364 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 372 aa  139  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.07 
 
 		 368 aa  139  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  29.89 
 
 		 348 aa  139  6e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  30.31 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.12 
 
 		 374 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 376 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  30.39 
 
 		 390 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 369 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 383 aa  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 360 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 360 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  29.7 
 
 		 360 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 376 aa  135  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  29.26 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.72 
 
 		 370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.18 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  29.18 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  27.56 
 
 		 351 aa  133  5e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  29.02 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 		 361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.04 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 		 372 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  27.78 
 
 		 444 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 376 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  27.65 
 
 		 382 aa  129  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  28.52 
 
 		 418 aa  129  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 383 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  28.27 
 
 		 444 aa  129  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 365 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  27.62 
 
 		 360 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 371 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  27.33 
 
 		 380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.15 
 
 		 375 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  25.99 
 
 		 383 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  28 
 
 		 377 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.84 
 
 		 397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  28.23 
 
 		 427 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  27.08 
 
 		 376 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  26.98 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  28.62 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1050  hypothetical protein  32.09 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  27.43 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  26.36 
 
 		 358 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.57 
 
 		 370 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>