More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2393 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 525 aa  1084    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  46.29 
 
 		 629 aa  493  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  49.8 
 
 		 529 aa  485  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  44.87 
 
 		 672 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  57.65 
 
 		 491 aa  441  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  47.43 
 
 		 455 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  44.17 
 
 		 488 aa  359  7e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  37.27 
 
 		 571 aa  346  8e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  36.74 
 
 		 577 aa  342  1e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  36.49 
 
 		 489 aa  339  8e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  39.12 
 
 		 502 aa  296  7e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  38.13 
 
 		 467 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  36.59 
 
 		 509 aa  270  4e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  34.58 
 
 		 500 aa  258  2e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  37.91 
 
 		 529 aa  256  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  30.68 
 
 		 504 aa  253  6e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.48 
 
 		 627 aa  248  2e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  36.93 
 
 		 640 aa  247  4e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.41 
 
 		 512 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  36.77 
 
 		 502 aa  246  6e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  33.63 
 
 		 581 aa  244  3e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  34.65 
 
 		 460 aa  243  7e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 509 aa  242  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  36.77 
 
 		 472 aa  241  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  36.04 
 
 		 427 aa  241  2e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  34.9 
 
 		 422 aa  238  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  34.56 
 
 		 500 aa  238  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.34 
 
 		 438 aa  238  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 		 512 aa  237  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  33.66 
 
 		 650 aa  238  3e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.81 
 
 		 482 aa  237  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.81 
 
 		 482 aa  237  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  36.31 
 
 		 526 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  33.41 
 
 		 513 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  34.74 
 
 		 502 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  34.41 
 
 		 514 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  34.41 
 
 		 513 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.41 
 
 		 513 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  33.86 
 
 		 513 aa  233  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  33.67 
 
 		 502 aa  233  6e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  32.36 
 
 		 546 aa  231  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  31.36 
 
 		 517 aa  231  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  33.08 
 
 		 537 aa  231  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 		 599 aa  230  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 		 538 aa  229  6e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.65 
 
 		 439 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  36.65 
 
 		 439 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  29.18 
 
 		 537 aa  226  8e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 		 537 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  29.73 
 
 		 540 aa  224  3e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  32.35 
 
 		 523 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 		 521 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 		 521 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 		 521 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 		 521 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  32.35 
 
 		 523 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  32.35 
 
 		 523 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.29 
 
 		 497 aa  219  6e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  34.83 
 
 		 521 aa  220  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  35 
 
 		 542 aa  219  7e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  35.34 
 
 		 552 aa  219  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  36.73 
 
 		 545 aa  219  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.95 
 
 		 497 aa  219  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  34.81 
 
 		 487 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.93 
 
 		 497 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  35.46 
 
 		 491 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  33.25 
 
 		 483 aa  218  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  34.07 
 
 		 417 aa  216  8e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  34.99 
 
 		 473 aa  216  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  34.68 
 
 		 473 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.52 
 
 		 457 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  31.88 
 
 		 490 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 509 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  33.06 
 
 		 683 aa  213  7e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  35.48 
 
 		 488 aa  213  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 472 aa  212  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  35.48 
 
 		 488 aa  213  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  35.48 
 
 		 488 aa  213  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  32.88 
 
 		 550 aa  212  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  33.61 
 
 		 506 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 509 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 		 513 aa  210  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  33.87 
 
 		 523 aa  210  6e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  29.98 
 
 		 505 aa  210  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  33.16 
 
 		 490 aa  210  6e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.32 
 
 		 510 aa  209  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.07 
 
 		 516 aa  209  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 505 aa  209  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  32.19 
 
 		 715 aa  209  1e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  32.71 
 
 		 507 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  32.71 
 
 		 507 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.07 
 
 		 516 aa  209  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  32.71 
 
 		 507 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  31.95 
 
 		 486 aa  207  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  33.42 
 
 		 410 aa  207  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.52 
 
 		 460 aa  206  8e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 		 507 aa  206  8e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  34.84 
 
 		 475 aa  205  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  32.26 
 
 		 527 aa  204  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.88 
 
 		 510 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>