More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7484 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 351 aa  701    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.58 
 
 		 357 aa  355  5e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  54.65 
 
 		 375 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  48.06 
 
 		 413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  44.54 
 
 		 377 aa  268  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  46.34 
 
 		 367 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.12 
 
 		 371 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  40.42 
 
 		 392 aa  239  5e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.71 
 
 		 390 aa  236  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  40.48 
 
 		 378 aa  235  9e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  40.82 
 
 		 383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  40.9 
 
 		 391 aa  233  3e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  43.41 
 
 		 390 aa  232  9e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  41.64 
 
 		 394 aa  231  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  41.02 
 
 		 362 aa  231  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  40.6 
 
 		 396 aa  224  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.44 
 
 		 410 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.12 
 
 		 379 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.12 
 
 		 379 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  39.47 
 
 		 1405 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  37.2 
 
 		 363 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 386 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  31.12 
 
 		 442 aa  144  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  29.39 
 
 		 440 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.93 
 
 		 413 aa  136  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 		 413 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  31.69 
 
 		 427 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  31.32 
 
 		 358 aa  130  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  29.76 
 
 		 391 aa  129  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.02 
 
 		 414 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 		 609 aa  128  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 426 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.65 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 385 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  32.56 
 
 		 408 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.35 
 
 		 380 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  29.71 
 
 		 427 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.91 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 		 393 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 395 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.56 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  28.21 
 
 		 386 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.61 
 
 		 396 aa  107  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  30.38 
 
 		 389 aa  106  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 390 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  28.82 
 
 		 404 aa  105  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  27.65 
 
 		 376 aa  103  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.27 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 372 aa  99.8  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  27.78 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  28.83 
 
 		 372 aa  97.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 397 aa  97.8  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 		 372 aa  97.4  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  28.53 
 
 		 351 aa  97.4  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  28.37 
 
 		 357 aa  96.7  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  26.27 
 
 		 378 aa  96.3  7e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 347 aa  96.3  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  27.99 
 
 		 367 aa  95.9  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  27.87 
 
 		 376 aa  95.9  9e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.78 
 
 		 396 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 355 aa  92.8  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 349 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 		 372 aa  92  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 364 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.12 
 
 		 396 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 357 aa  90.9  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.61 
 
 		 381 aa  89.7  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  26.9 
 
 		 352 aa  90.1  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  27.27 
 
 		 368 aa  89.7  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 405 aa  89.7  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0237  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 397 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.22 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0236  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 379 aa  87.4  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.94922  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 360 aa  86.7  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.53 
 
 		 379 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.64 
 
 		 379 aa  86.3  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 358 aa  86.3  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25.64 
 
 		 368 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 361 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 369 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  27.9 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  24.93 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 392 aa  83.6  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  25.34 
 
 		 373 aa  83.2  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 349 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  26.71 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>