More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3472 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
379 aa  743    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
379 aa  743    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  77.78 
 
 
1405 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  54.28 
 
 
391 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  52.48 
 
 
383 aa  301  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  51.17 
 
 
392 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.87 
 
 
410 aa  278  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  51.2 
 
 
362 aa  273  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.96 
 
 
357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  50.6 
 
 
396 aa  260  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.61 
 
 
390 aa  260  3e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  50.31 
 
 
390 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  49.56 
 
 
394 aa  255  8e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  46.36 
 
 
378 aa  245  9e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  43.41 
 
 
413 aa  241  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  42.51 
 
 
367 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  40.12 
 
 
351 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  40.11 
 
 
377 aa  226  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  40.35 
 
 
375 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.85 
 
 
371 aa  212  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  35.76 
 
 
440 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  36.21 
 
 
386 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  36.93 
 
 
363 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 
442 aa  153  5e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  37.84 
 
 
427 aa  152  8.999999999999999e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  36.42 
 
 
391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  31.64 
 
 
378 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  31.68 
 
 
397 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  30.73 
 
 
426 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 
358 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 
395 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  32.49 
 
 
386 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 
390 aa  123  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 
413 aa  120  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  30.71 
 
 
413 aa  119  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.89 
 
 
413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.44 
 
 
380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 
354 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  30.29 
 
 
427 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  32.82 
 
 
380 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 
385 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 
408 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  31.53 
 
 
404 aa  109  7.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.68 
 
 
402 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  31.88 
 
 
418 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.53 
 
 
349 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 
442 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.78 
 
 
414 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 
402 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.81 
 
 
396 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.75 
 
 
396 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.81 
 
 
396 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.48 
 
 
396 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 
358 aa  105  9e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 
358 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 
354 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  27.25 
 
 
352 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  28.27 
 
 
354 aa  103  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 
384 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 
357 aa  102  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 
409 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.82 
 
 
373 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 
354 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  31.63 
 
 
389 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 
354 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 
354 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 
359 aa  99.8  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 
421 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  30.74 
 
 
389 aa  99.8  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  28.23 
 
 
407 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  25.96 
 
 
354 aa  99.4  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0237  RND family efflux transporter MFP subunit  33.06 
 
 
397 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.63 
 
 
366 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 
421 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 
354 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.69 
 
 
367 aa  97.1  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 
383 aa  97.4  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  26.16 
 
 
368 aa  97.4  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.75 
 
 
356 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  30.25 
 
 
405 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  25.75 
 
 
461 aa  95.9  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 
405 aa  95.9  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 
609 aa  95.9  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  30.03 
 
 
347 aa  94.7  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.67 
 
 
388 aa  94.7  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.04 
 
 
354 aa  95.1  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  28.15 
 
 
471 aa  94.4  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 
360 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 
360 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  26.01 
 
 
364 aa  94  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.51 
 
 
379 aa  94  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 
371 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0236  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.85 
 
 
379 aa  93.2  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.94922  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.55 
 
 
367 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  30.43 
 
 
478 aa  93.6  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  31.21 
 
 
372 aa  93.2  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 
478 aa  93.6  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 
472 aa  93.2  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  33.33 
 
 
359 aa  93.2  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>