More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3030 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  100 
 
 		 306 aa  600  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  81.97 
 
 		 295 aa  474  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  70.93 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  64.54 
 
 		 317 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  64.71 
 
 		 308 aa  357  9e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  68.34 
 
 		 322 aa  348  5e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  65.92 
 
 		 295 aa  348  6e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  43.96 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.04 
 
 		 351 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  41.13 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.6 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  40.53 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.18 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  38.87 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  37.54 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  38.91 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.98 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  38.64 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  46.56 
 
 		 385 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  46.56 
 
 		 408 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  37.13 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.28 
 
 		 396 aa  145  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.74 
 
 		 396 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  36.4 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.86 
 
 		 414 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  41.49 
 
 		 427 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  42.16 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.16 
 
 		 413 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  42.55 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.55 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.16 
 
 		 413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  40.54 
 
 		 409 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  34.57 
 
 		 391 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  38.92 
 
 		 426 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.97 
 
 		 396 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  35.48 
 
 		 395 aa  97.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 389 aa  94.7  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.88 
 
 		 396 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 390 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  31.03 
 
 		 378 aa  90.1  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  36.26 
 
 		 386 aa  89.4  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 358 aa  89  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 397 aa  89  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  34.59 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 		 393 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 394 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  27.9 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 		 392 aa  82.8  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 386 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  32.67 
 
 		 363 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  32.24 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  31.15 
 
 		 383 aa  74.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.14 
 
 		 357 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.6 
 
 		 390 aa  72.4  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 404 aa  72.4  0.000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 		 385 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  32.6 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  30.39 
 
 		 378 aa  70.1  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  35.44 
 
 		 347 aa  70.1  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 369 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  29.95 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.19 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.87 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  32.96 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  31.58 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 396 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  28.35 
 
 		 396 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.57 
 
 		 379 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 361 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  26.92 
 
 		 405 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  32.34 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  26.92 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 609 aa  65.5  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  33.11 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  29.67 
 
 		 366 aa  64.3  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 442 aa  63.9  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4493  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.02 
 
 		 367 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0293  secretion protein HlyD  28.19 
 
 		 514 aa  63.9  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.287992  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  34.09 
 
 		 399 aa  63.5  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.93 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.2 
 
 		 376 aa  63.2  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  28.78 
 
 		 382 aa  62.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  34.39 
 
 		 546 aa  62.8  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 347 aa  62.4  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 360 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.9 
 
 		 365 aa  62  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  30.73 
 
 		 376 aa  62  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  29.84 
 
 		 421 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  30.3 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  30.26 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 		 384 aa  61.6  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 537 aa  61.6  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  31.77 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 405 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  30.26 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  30.26 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>