299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1002 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  100 
 
 		 307 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  82.08 
 
 		 306 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  75.77 
 
 		 298 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  70.11 
 
 		 312 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  66.16 
 
 		 300 aa  320  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  61.94 
 
 		 301 aa  311  6.999999999999999e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  64.09 
 
 		 296 aa  310  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  42.64 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.82 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  39.25 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  38.23 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  37.32 
 
 		 308 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.06 
 
 		 351 aa  159  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  36.33 
 
 		 317 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  34.88 
 
 		 295 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  35.43 
 
 		 322 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  36.11 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  36.36 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  36.3 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.54 
 
 		 396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  41.84 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.92 
 
 		 396 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  40.31 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.18 
 
 		 396 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.18 
 
 		 396 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.46 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  39.81 
 
 		 427 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  42.25 
 
 		 402 aa  119  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  40.86 
 
 		 409 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.25 
 
 		 402 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.84 
 
 		 413 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  40.31 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  38.38 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  33.33 
 
 		 378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.79 
 
 		 413 aa  113  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  38.71 
 
 		 426 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 395 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 389 aa  108  8.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  36.7 
 
 		 397 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  36.7 
 
 		 386 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  36.7 
 
 		 390 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.08 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  29.08 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 361 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  28.95 
 
 		 393 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 383 aa  69.7  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  29.41 
 
 		 389 aa  69.7  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 392 aa  69.3  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 367 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 394 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.89 
 
 		 390 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  31.18 
 
 		 404 aa  67.4  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.65 
 
 		 383 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  31.75 
 
 		 347 aa  67  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 371 aa  65.9  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  31.25 
 
 		 363 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.08 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.08 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.56 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  27.88 
 
 		 396 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 382 aa  63.5  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  30.81 
 
 		 380 aa  62.8  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.26 
 
 		 580 aa  62.4  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  25.73 
 
 		 369 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  25.73 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  25.73 
 
 		 369 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.37 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.5 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.37 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  26 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 386 aa  60.8  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  28.12 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  29.15 
 
 		 440 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.42 
 
 		 371 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  27.64 
 
 		 394 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  26.14 
 
 		 382 aa  59.3  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 385 aa  59.3  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  26.85 
 
 		 451 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  24.8 
 
 		 322 aa  58.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  24.8 
 
 		 322 aa  58.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  30.24 
 
 		 471 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 609 aa  57.4  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.28 
 
 		 509 aa  57  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.11 
 
 		 357 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  26.4 
 
 		 399 aa  56.6  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 442 aa  56.6  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  27.84 
 
 		 391 aa  56.6  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 358 aa  56.2  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  30.39 
 
 		 399 aa  55.8  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.7 
 
 		 400 aa  55.8  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  30.11 
 
 		 422 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 382 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  32.4 
 
 		 498 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>