More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2411 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 410 aa  790    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  67.56 
 
 		 396 aa  395  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  65.19 
 
 		 392 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  62.54 
 
 		 390 aa  361  1e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.82 
 
 		 390 aa  360  2e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  58.14 
 
 		 391 aa  361  2e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  64.41 
 
 		 394 aa  350  3e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  56.27 
 
 		 383 aa  347  2e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  53.26 
 
 		 362 aa  311  9e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  53.18 
 
 		 378 aa  306  3e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.4 
 
 		 379 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.4 
 
 		 379 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  48.01 
 
 		 1405 aa  249  5e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  41.1 
 
 		 377 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  42.42 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.72 
 
 		 357 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  41.49 
 
 		 351 aa  233  7.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  42.15 
 
 		 367 aa  231  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  41.14 
 
 		 413 aa  228  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.51 
 
 		 371 aa  226  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  35.06 
 
 		 440 aa  202  8e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  39.82 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  36.8 
 
 		 386 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  37.05 
 
 		 427 aa  171  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  37.03 
 
 		 442 aa  169  6e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  36.16 
 
 		 391 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 		 413 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.71 
 
 		 413 aa  136  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  31.76 
 
 		 426 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.09 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 		 609 aa  132  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 427 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  29.28 
 
 		 378 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  29.66 
 
 		 395 aa  126  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  31.95 
 
 		 374 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  31.74 
 
 		 389 aa  122  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 358 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  31.41 
 
 		 370 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  33.93 
 
 		 409 aa  120  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  28.94 
 
 		 358 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 		 354 aa  117  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 354 aa  117  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 376 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 		 385 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  30.95 
 
 		 408 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  28.4 
 
 		 354 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 358 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.07 
 
 		 354 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  29.82 
 
 		 467 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  29.79 
 
 		 404 aa  113  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  32.69 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.51 
 
 		 402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.32 
 
 		 377 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 349 aa  110  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.37 
 
 		 380 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 354 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  26.61 
 
 		 352 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.95 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  28.79 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  30.17 
 
 		 363 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  31.68 
 
 		 393 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 354 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 414 aa  106  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.57 
 
 		 360 aa  106  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.57 
 
 		 360 aa  106  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 355 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  29.53 
 
 		 398 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.81 
 
 		 387 aa  104  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.7 
 
 		 401 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.89 
 
 		 373 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  30.24 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.95 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  29.08 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.27 
 
 		 353 aa  101  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 361 aa  101  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 		 402 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 396 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 		 402 aa  99.8  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  29.29 
 
 		 381 aa  99.4  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 417 aa  98.2  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 380 aa  98.6  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.01 
 
 		 366 aa  97.4  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.52 
 
 		 367 aa  97.1  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  27.3 
 
 		 419 aa  97.1  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 386 aa  96.7  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 		 364 aa  96.3  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 404 aa  95.9  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  27.14 
 
 		 369 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 369 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.04 
 
 		 369 aa  95.5  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 359 aa  95.1  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>