More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1649 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 354 aa  717    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  83.66 
 
 		 359 aa  599  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  83.93 
 
 		 363 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  77.9 
 
 		 354 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  80.17 
 
 		 368 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  77.31 
 
 		 358 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  77.03 
 
 		 358 aa  568  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  76.49 
 
 		 354 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  77.62 
 
 		 354 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  77.62 
 
 		 354 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  77.62 
 
 		 354 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  77.05 
 
 		 354 aa  553  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  77.05 
 
 		 354 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  72.6 
 
 		 354 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  70.42 
 
 		 357 aa  504  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  67.81 
 
 		 352 aa  490  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  42.69 
 
 		 405 aa  280  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  42.09 
 
 		 376 aa  277  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.69 
 
 		 383 aa  192  5e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 430 aa  152  8e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 356 aa  135  7.000000000000001e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 		 376 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  30.32 
 
 		 382 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 377 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 		 363 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 387 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 354 aa  122  7e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.51 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 364 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  31.98 
 
 		 421 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.74 
 
 		 388 aa  120  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 		 462 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 		 462 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 385 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.59 
 
 		 378 aa  119  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00325  cation efflux system protein  32.84 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888841  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 359 aa  117  3e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000422764  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 354 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 350 aa  116  5e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  26.69 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  26.74 
 
 		 348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  28.61 
 
 		 449 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.01 
 
 		 410 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 379 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  24.85 
 
 		 353 aa  112  7.000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.45 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.37 
 
 		 367 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  26.19 
 
 		 365 aa  109  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 366 aa  109  8.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  29.72 
 
 		 415 aa  109  9.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.08 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.92 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  27.81 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  28.32 
 
 		 401 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 371 aa  106  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  26.2 
 
 		 360 aa  106  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.79 
 
 		 381 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  26.55 
 
 		 427 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.19 
 
 		 353 aa  106  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 376 aa  106  8e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  27.47 
 
 		 407 aa  105  8e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.15 
 
 		 368 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  28.99 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1676  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0197098  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  23.69 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.42 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  24.29 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.46 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.15 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2903  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 383 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.17 
 
 		 352 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 359 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.92 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  26.3 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  27.67 
 
 		 414 aa  104  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 353 aa  104  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  25.92 
 
 		 366 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  24.84 
 
 		 353 aa  103  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.36 
 
 		 351 aa  103  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2499  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 416 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  25.58 
 
 		 424 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 387 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  26.73 
 
 		 391 aa  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  25.22 
 
 		 374 aa  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.93 
 
 		 347 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.37 
 
 		 426 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  28.72 
 
 		 467 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>